МедицинаbioRxivLi, J. H., Ho, A. J.3 мин чтенияpreprint

GeneBench-Pro: Оценка многосложного статистического рассуждения в геномике, количественной биологии и трансляционной биомедицине

GeneBench-Pro: Evaluating Multistage Statistical Reasoning\\in Genomics, Quantitative Biology, and Translational Biomedicine

Рубрика
Медицина
Источник
bioRxiv
DOI
10.64898/2026.06.29.735386
Дата
30.06.2026
Автор
Li, J. H., Ho, A. J.
Время чтения
3 мин

Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование.

Медицина

Краткое резюме

GeneBench-Pro — это усовершенствованная версия стандарта для оценки многосложного анализа данных в области геномики, которая включает более сложные задачи и учитывает проблемы, с которыми сталкиваются исследователи в реальном мире. Это позволит лучше понять ограничения современных алгоритмов ИИ.

Практический вывод

Исследование демонстрирует, что современные модели ИИ все еще имеют значительные недостатки в способности правильно принимать решения на основе сложных биологических анализов.

Ограничения

Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование. Основные ограничения исследования связаны с тем, что предложенные задачи все еще могут быть недостаточно полными или точными для точного моделирования реальных научных сцен, что может затруднить перевод полученных результатов в практическую сферу.

Похожие исследования

Подборка учитывает рубрику, ключевые слова, аннотацию, резюме, практические выводы и источник.

Медицина
Медицина
77%

Между долгом и ограничениями: качественный систематический обзор этических вызовов и моральных стрессоров, испытываемых медицинскими работниками при обслуживании не задекларированных мигрантов.

Медицинские работники играют критическую роль в предоставлении помощи не задекларированным мигрантам, которые сталкиваются с системными барьерами в доступе к медицинскому обслуживанию. Хотя в исследованиях документированы юридические и политические барьеры для этих мигрантов, менее известно о этических проблемах и моральных стрессорах, с которыми сталкиваются работники. Этот систематический обзор синтезирует качественные исследования об опыте работников при предоставлении помощи не задекларированным мигрантам. Обзор следовал рекомендациям PRISMA. Были проведены поиски в PubMed, Embase, CINAHL и Cochrane Library для нахождения соответствующих качественных исследований. Исследования были отобраны по названию, аннотации и полному тексту с использованием заранее определенных критериев включения и исключения. Оценка качества проводилась с использованием контрольного списка CASP. Данные были синтезированы с использованием Руководства по качественному анализу Leuven (QUAGOL), интегрируя подход Гранехайма и Лундмана к качественному контент-анализу. Систематический поиск выявил 37 качественных исследований. Анализ показал 58 тем и подтем, организованных по пяти ключевым концепциям: опыт, восприятие, отношение, практики и механизмы преодоления, а также этические вызовы. Работники сообщили о моральной тревоге, эмоциональном истощении и профессиональных дилеммах, возникающих из-за юридических ограничений, недостатка ресурсов и конфликтующих обязательств. Этические напряжения сосредоточены вокруг бенефицентности против нон-малефиции, профессионального долга против юридического соблюдения и моральной дилеммы достоинства. В этих находках синтез выделяет смещение этической нагрузки как центральный аналитический вклад: ограничительные системы переносят моральные и практические последствия исключительных условий на работников и не задекларированных мигрантов на момент оказания помощи. Этот обзор показывает, что этические вызовы работников не являются лишь индивидуальными клиническими дилеммами, а структурно порождаемыми моральными стрессорами. Решение этих проблем требует структурных вмешательств, включая реформы политики, которые согласуют профессиональную этику с юридическими ограничениями и институциональную поддержку для смягчения моральной тревоги.

Медицина
Медицина
77%

Сравнение языковых моделей на основе рубрик в задачах клинического мышления, созданных экспертами

Медицинские тесты с выбором ответов становятся все более переполненными, и недавние оценки на основе рубрик, такие как HealthBench, показали, что открытая клиническая оценка далека от решения: максимальный балл в ее "Сложной" подгруппе составляет всего 32%. Мы представляем небольшой, специально сложный набор оценочных данных из пяти клинических сценариев, составленных врачами, охватывающих четыре специальности (анестезиология, внутренние/семейная медицина, неотложная медицина и акушерство), каждый из которых сопровождается атомарной, взвешенной, MECE рубрикой (от 25 до 62 критериев на задачу, всего 184 критерия), составленной на основании золотого ответа, подготовленного врачом. Мы оценили три передовые модели: GPT 5.4, Claude Opus 4.7 и Gemini 3.1 Pro. Средние показатели прохождения рубрики составили 0.47 (Claude), 0.39 (GPT) и 0.37 (Gemini). Центральный вывод заключается в инверсии клинического приоритета: наиболее важные (вес-5, критически важные) критерии были выполнены всего на 32.4-41.7%, в то время как менее значимые критерии с весом-1 прошли с результатом 80-90%. 56 из 108 критически важных (вес-5) критериев (52%) не были выполнены ни одной моделью. Три авторегистраторы LLM воспроизвели метки экспертов (выполнено/не выполнено) в 92.8-94.7% из 552 оцененных критериев. Мы рассматриваем это как вклад в методы и предварительные результаты: пять задач демонстрируют масштабируемый, обоснованный процесс, готовый к развитию в крупномасштабный эталон.

Медицина
Медицина
72%

Возраст донора ухудшает васкулогенные свойства эндотелиальных предшественников, полученных из индукционных плюрипотентных стволовых клеток человека

Фон: Индукционные плюрипотентные стволовые клетки человека (hiPSCs) являются перспективным инструментом для сосудистого регенерирования, однако предварительные исследования часто основываются на клетках, полученных от новорожденных доноров, в то время как клинические приложения будут использовать клетки, полученные от пожилых людей. Несмотря на то, что влияние возраста донора на эффективность перепрограммирования изучалось, его влияние на функциональность эндотелиальных предшественников, полученных из hiPSC (hiPSC-EPs), остается неясным. Этот вопрос является основным в текущем исследовании. Методы и результаты: Мы получили EP от iPSCs, полученных от трех новорожденных доноров (ND) и трех зрелых доноров (MD), сопоставленных в соотношении 1:1 по полу и происхождению соматических клеток. Мы оценили их функциональные, эпигенетические и транскриптомные характеристики. Несмотря на более высокую выходность клеток CD34? из MD-iPSCs, MD-hiPSC-EP образовали плохо взаимосвязанные и не светлые сосудистые структуры в 3D-гидрогелях по сравнению с линиями новорожденных доноров (ND). В 2D-культуре MD-hiPSC-EP продемонстрировали сниженную плотность клеток и аномальную локализацию VE-Кадгерина. Анализ метилирования ДНК показал, что происхождение соматических клеток является доминирующим фактором вариации, однако были замечены постоянные отличия в метилировании генов, связанных с мезодермальным обязательством, ангиогенезом, ремоделированием экстрацеллюлярного матрикса и цитоскелетом между возрастными группами. Прогнозирование эпигенетического возраста показало, что MD-hiPSC-EP имели более зрелые сигнатуры, что потенциально объясняет их смещение от васкулогенной компетенции. Наши результаты по RNA-секвенированию подтверждают тенденции, наблюдаемые в данных по метилированию ДНК, и показывают дифференциальное выражение путей, связанных с регуляцией митохондрий и сигнализацией оксида азота. Заключения: Возраст донора значительно изменяет васкулогенную функцию hiPSC-EP. Эти результаты подчеркивают необходимость учета возрастных факторов донора в сосудистой инженерии на основе hiPSC и подчеркивают потенциальные преграды для перевода терапий, основанных на hiPSC, в популяцию пожилых пациентов.

Медицина
Медицина
72%

Программируемая акустическая манипуляция отдельными клетками с помощью обучения без модели

Точное, нев invasive манипулирование отдельными живыми клетками остается центральной задачей в биомедицинских науках, имеющей далеко идущие последствия для анализа отдельных клеток, инженерии тканей и изучения взаимодействий между клетками. В данной работе мы представляем первую демонстрацию управления отдельными клетками с использованием акустической акустофлюидики на основе стоячей волны с замкнутой обратной связью. Мы вводим алгоритм VeLO (векторная локальная оптимизация), основанный на обучении с подкреплением без модели, который позволяет программируемую двумерную манипуляцию отдельными клетками с использованием одного пьезоэлектрического преобразователя. Без предварительной калибровки или физического моделирования VeLO обучает динамику системы в режиме реального времени на основе акустически индуцированных смещений клеток и автоматически адаптируется к нелинейным, изменяющимся условиям. Мы достигаем надежного управления для нескольких типов клеток (DU-145, Jurkat, K-562) и независимой манипуляции несколькими клетками, включая контролируемый контакт между клетками. Сочетая простоту аппаратного обеспечения с автономным, адаптивным управлением, этот подход устанавливает мультимодальную акустофлюидику как универсальный инструмент для безмаркерной, высокоточной манипуляции отдельными клетками.

Медицина
Медицина
69%

Экономические и zdravstvennye последствия совместного принятия клинических решений по вакцинации от гепатита B при рождении.

В декабре 2025 года Консультативный комитет по практикам иммунизации рекомендовал индивидуальную модель принятия решений, известную как совместное клиническое принятие решений (СКПР), в отношении вакцинации от гепатита B (ГепВ) для новорожденных матерей, у которых в момент родов был зафиксирован отрицательный результат теста на HBsAg. Мы оценили предполагаемые экономические, здравоохранительные и распределительные последствия для американской когорты при рождении 2026 года. Модель, комбинирующая дерево решений и когорту Маркова, учитывала общественные интересы в оценке на протяжении всей жизни для 3,6 миллиона новорожденных США 2026 года при трех сценариях снижения охвата (на 10, 20 и 30 процентных пунктов). Затраты (в долларах США 2026 года) и результаты были дисконтированы на 3% ежегодно. К результатам относились затраты, инфекции, смерти, годы жизни, скорректированные по качеству (QALY), и влияние на равенство по страхованию, расе/этнической принадлежности, типу больницы и географии. Вероятностный анализ чувствительности использовал 10 000 итераций; отчетность следовала стандартам CHEERS 2022. В базовом сценарии с 20-процентным снижением предполагалось, что СКПР приведет к примерно 44 дополнительным острым инфекциям, 8 дополнительным случаям хронического HBV, 2 дополнительным смертям от HBV (сценарий неполного связывания) и 56 дисконтированным потерям QALY на когорту. Предполагая дополнительные временные затраты на консультации для всех рождений, чувствительных к политике, СКПР принесла примерно 301 миллион долларов в чистых общественных затратах, в основном вызванным стоимостью временных затрат врачей на консультации, а не лечением болезней, и была менее эффективной по сравнению с универсальной вакцинацией. При условии, что временные затраты на консультации имеют нулевую стоимость, СКПР оставалась менее эффективной, но менее затратной, что подразумевало затраты примерно 0,7 миллиона долларов на QALY при сохранении универсальной вакцинации. Смоделированные бремена сосредоточились в популяциях Medicaid/CHIP и поддержки. Эта ранняя оценка использовала сценарные предположения о снижении охвата, временных затратах на консультации, смертности и завершении программы вакцинации, так как данные после принятия политических решений были недоступны; результаты являются прогнозами, а не наблюдениями. Переход от универсальной вакцинации при рождении к СКПР, как ожидалось, приведет к снижению своевременной вакцинации и увеличению предотвратимых инфекций во всех сценариях. Выводы о социальных затратах зависели от того, будет ли СКПР обременять временными затратами консультирование в масштабах, в то время как неблагоприятные последствия для здоровья были устойчивыми. Необходимы данные после реализации о охвате, консультациях, завершении программы и доступе к лечению, прежде чем рассматривать СКПР как низкозатратную или низкорисковую.

Медицина
Медицина
67%

Оценка дополнительного лечения для остаточных случаев после эндоскопической папиллектомии опухолей дуоденальной ампулы.

Целью данного исследования было оценить прогноз и результаты дополнительного лечения остаточного аденокарциномы и аденомы после эндоскопической папиллектомии (ЭП) опухолей ампулы. Из 191 пациента, прошедшего ЭП, 43 с аденокарциномой или аденомой и положительными или неопределёнными патологическими краями были включены в исследование. Случаи с положительными или неопределёнными патологическими краями и остатками при эндоскопическом наблюдении после ЭП были определены как эндоскопические остатки, а случаи без эндоскопических остатков – как патологические остатки. Результаты были сравнены между этими группами для оценки дополнительного лечения. Всего было идентифицировано 12 случаев аденокарциномы, из которых в 10 случаях имелись патологические остатки, а в двух случаях – эндоскопические остатки. Из двух случаев с эндоскопическими остатками один пациент прошёл дополнительную хирургическую резекцию, в то время как другой находился под наблюдением и впоследствии показал прогрессирование заболевания. Среди 10 случаев с патологической остаточной аденокарциномой у четырех пациентов была проведена дополнительная операция, но рак не был обнаружен в удалённых образцах. У шести оставшихся случаев не было прогрессирования заболевания в течение периода наблюдения, что может свидетельствовать о том, что патологическая остаточная аденокарцинома могла быть полностью устранена с помощью ЭП. Остаточная аденома была обнаружена в 31 случае, при этом в 20 случаях имелись патологические остатки, а в 11 случаях - эндоскопические остатки. Рецидив аденомы произошёл в трёх случаях, и все они успешно лечились эндоскопически. Если патологический край положительный или неопределённый, требуется дополнительное лечение для случаев с эндоскопическими остатками после ЭП. Однако в отсутствие эндоскопических остатков последующее наблюдение может быть остережено в некоторых случаях.