МедицинаbioRxivCrawford, K. H. D., Castor, J., LaTurner, K., Mack, A. R. et al.3 мин чтенияpreprint

Шесть лет тестирования генотипического сопротивления вирусу простого герпеса к ацикловиру подтверждают общие механизмы сопротивления и выявляют новые мутации

Six years of clinical herpes simplex virus genotypic acyclovir resistance testing confirms common resistance mechanisms and identifies novel mutations

Рубрика
Медицина
Источник
bioRxiv
DOI
10.64898/2026.06.25.734554
Дата
27.06.2026
Автор
Crawford, K. H. D., Castor, J., LaTurner, K., Mack, A. R. et al.
Время чтения
3 мин

Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование.

Медицина

Аннотация

Идентификация инфекций вируса простого герпеса (ВПГ), устойчивых к ацикловиру, имеет важное значение для выбора соответствующей противовирусной терапии, особенно для иммуносупрессированных пациентов, где уровень устойчивости может достигать 30%. В 2020 году Клиническая вирусологическая лаборатория Университета Вашингтона запустила первый клинический тест на генотипическое сопротивление ВПГ к лекарствам в Соединенных Штатах. Хотя генотипическое тестирование обеспечивает значительно более быстрые сроки выполнения, чем традиционные фенотипические тесты, его интерпретация зависит от установленных баз данных мутаций и остается сложной, когда выявляются новые варианты. Здесь мы ретроспективно рассмотрели все тесты секвенирования Sanger на устойчивость к ацикловиру ВПГ, проведенные с января 2020 года по ноябрь 2025 года в этой основной национальной референсной лаборатории. Мутации, выявленные с помощью клинического секвенирования, были сопоставлены с опубликованными базами данных мутаций UL23 ВПГ для определения их фенотипического эффекта. За почти шести лет исследования было секвенировано 136 образцов с медианой времени выполнения 10,6 дней. Среди них 65 образцов (47,8%) имели мутации устойчивости к ацикловиру, включая 45 мутаций сдвига рамки. Примечательно, что среди 100 образцов (73,5%) с мутациями, которые на момент клинического тестирования не были известны как вызывающие устойчивость к ацикловиру, мы выявили 56 различных мутаций, включая 23, которые не были охарактеризованы ранее. Наш национальный опыт демонстрирует, что генотипическое тестирование ускоряет получение практических результатов в клинической практике и подтверждает, что мутации сдвига рамки остаются основным фактором устойчивости к ацикловиру. Кроме того, благодаря выявлению этих 23 новых вариантов, данная работа предоставляет критически важные цели для будущей биохимической и фенотипической характеристики мутаций UL23 ВПГ.

Краткое резюме

Исследование подтверждает важность генотипического тестирования на устойчивость к ацикловиру для вируса простого герпеса, в том числе выявление новых мутаций и понимание механизмов устойчивости, особенно для иммуносупрессированных пациентов.

Практический вывод

Генотипическое тестирование на устойчивость к ацикловиру позволяет быстрее получать результаты и лучше понимать механизмы устойчивости вируса простого герпеса, что критично для правильного выбора терапии.

Ограничения

Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование. Данное исследование имеет ограничения, связанные с небольшим размером выборки и возможной неполнотой имеющихся данных о мутациях, что может затруднить интерпретацию некоторых результатов.

Похожие исследования

Подборка учитывает рубрику, ключевые слова, аннотацию, резюме, практические выводы и источник.

Медицина
Медицина
77%

Моделирование импорта и распространения болезни, вызванной вирусом Эбола Бундиbugyo, в Уганде на основе сетевых данных и сценариев соблюдения ненаркотических интервенций

Фон. Вспышка вируса Бундиbugyo Эбола в Уганде в 2026 году, связанная с текущей эпидемией в Демократической Республике Конго (ДРК), распространилась благодаря человеческой мобильности через границы и внутри страны. Мы ставили цель количественно оценить модели импорта и распространения, чтобы обеспечить целенаправленные интервенции на субнациональном уровне. Методы. Мы построили сеть мобильности с направленным взвешиванием на основе данных Миграционной организации (IOM) о перемещении населения с 15 по 24 мая 2026 года (обнаружено 11,245 перемещений) и данных переписи населения Уганды 2024 года (45.9 миллионов человек). Была смоделирована стохастическая метапопуляционная модель SEIR, учитывающая предсимптоматическую передачу и перемещение контактных и инфекционных лиц, на протяжении 90 дней по 135 округам Уганды и двум провинциям ДРК. Реакцию 7-1-7 было явно смоделировано с динамическим охватом отслеживания контактов (40%[->]70%[->]85%). Мы оценили три сценария соблюдения (20%, 40%, 60%) для ненаркотических интервенций. Глобальный анализ чувствительности Соболя (500 выборок, 200 бутстрэппинг) выявил ключевые параметры, определяющие размер вспышки. Результаты. Сеть мобильности была разреженной (плотность 0.11), очень неравномерной (коэффициент Джини 0.67) и модульной (модулярность 0.5). Округ Кисоро имел наибольший риск импорта (входящая сила 3,823) и риска экспорта (исходящая сила 1,350), в то время как Кампала показала значительную входящую силу (1,290), но меньшую исходящую силу (150). В рамках сценария сдерживания (эффективное R = 0.35) модель прогнозировала медиану 22 кумулятивных случаев (95% CrI: 22-24) и 2 смерти (95% CrI: 2-4) в Кампале за 90 дней. Во всех остальных 134 округах медиана составила 0 случаев. Ненаркотические интервенции при высоком, среднем и низком соблюдении не дали статистически значимого снижения числа случаев (22 случая по всем сценариям). Суперраспространительные события происходили в 34.6-40.6% симуляций. Анализ чувствительности Соболя выявил инфекционный период (первый порядок 0.838), летальность случаев (0.738) и основной коэффициент рождаемости (0.664) как наиболее влиятельные параметры; параметры, связанные с мобильностью, имели значительно более низкие индексы общего порядка. Реакция 7-1-7 сама по себе, как ожидалось, сдержит вспышку вируса Эбола Бундиbugyo до примерно 22 случаев и 2 смерти в Кампале, при этом дополнительные ненаркотические интервенции не обеспечат значимого добавочного эффекта. Ресурсы следует сосредоточить на целенаправленном наблюдении в высокорискованных центрах импорта (Кисоро для пограничного контроля) и внутриэпидемических центрах (Кампала для ресурсов реагирования), а не на ненаправленных национальных интервенциях. Инвестиции в быструю характеристику специфических штаммов биологических параметров могут повысить предсказательную точность. Финансирование. Отсутствует. Контекст исследования. Доказательства перед этим исследованием. Мы искали в PubMed и новостях Всемирной организации здравоохранения (Служба новостей о вспышках заболеваний от 19 мая 2026 года) исследования моделирования вспышек вируса Бундиbugyo с использованием терминов "Bundibugyo", "ebolavirus", "spillover", "cross-border" и "stochastic model". Предыдущие вспышки в Уганде (2007-08; 131 подтвержденный случай, 42 смерти) и в ДРК (2012; 38 подтвержденных случаев, 13 смертей) показывали более низкую восприимчивость и коэффициент летальности, чем в случае вируса Эбола Заира, с оценками основного коэффициента рождаемости от 1.2 до 2.6. Вспышка вируса Эбола Заира в Норте Киву и Итури в 2018-20 годах - вторая по величине вспышка за всю историю, с 3,481 случаем и 2,299 смертями - была значительно осложнена вооруженным конфликтом, недоверием сообществ, плохой инфраструктурой и миграцией населения. Чамба и др. (2026) оценили вероятность импорта для Уганды в 94.2% с использованием стохастической ансамблевой модели, откалиброванной на лабораторно подтвержденные случаи. Однако ни одно опубликованное исследование не интегрировало данные о перемещениях из матрицы отслеживания перемещения (IOM) с эпидемическими прогнозами для предоставления оценок риска импорта и распространения на субнациональном уровне. В реальном времени моделирование сверхвспышек через границу для вируса Бундиbugyo было весьма ограниченным, а отсутствие лицензированной вакцины против вируса Бундиbugyo усложняет стратегии готовности и реагирования. Одновременно Бангелеса и коллеги проводили исследование по картированию мобильности населения в провинции Итури, используя месячные данные из Flowminder (с марта 2025 по март 2026) и вычислили нормализованный индекс интенсивности мобильности (MII) для всех 340 санитарных зон. Их анализ показал, что провинция Итури имела второй по величине средний MII в стране (25.3), уступая лишь Киншасе (26.6), и в 2.4 раза превышала национальную медиану (10.7). Критически важным является то, что три зоны эпицентра вспышки - Рвампара (MII 68.6, ранг 2), Бунья (MII 62.6, ранг 3) и Могбвалу (MII 49.9, ранг 11) - все превышали 95-й национальный перцентиль (41.4), подчеркивая исключительную связанность затронутых зон. Дополнительные преимущества этого исследования. В то время как Бангелеса и др. установили макроуровень интенсивности мобильности провинции Итури относительно остальной части ДРК, наше исследование расширяет эту работу, строя направленную, взвешенную сеть мобильности на уровне округов в Уганде, используя данные о перемещениях из матрицы отслеживания перемещения (IOM) (11,245 наблюдаемых перемещений). Мы демонстрируем, что сеть мобильности крайне неравномерна (Джини 0.67) и модульная (модулярность 0.5), при этом Кисоро выступает в качестве основного порта импорта (входящая сила 3,823), а Кампала - как округ с самой высокой нагрузкой (22 медианных случая). Мы также показываем, что реакция 7-1-7 сама по себе вполне вероятно сдержит вспышку до примерно 22 случаев, а дополнительные ненаркотические интервенции не принесут статистически значимого добавленного эффекта. Анализ чувствительности Соболя выявляет инфекционный период (первый порядок 0.838), летальность случаев (0.738) и основной коэффициент рождаемости (0.664) как наиболее влиятельные параметры, что информирует приоритеты целенаправленного сбора данных. Это первое исследование, предоставляющее оперативные рекомендации на уровне округов для реагирования на вспышку вируса Бундиbugyo с использованием данных о мобильности в реальном времени. Импликации всех доступных доказательств. Планы готовности должны приоритизировать целенаправленное наблюдение в высокорискованных центрах импорта (Кисоро для пограничного контроля) и внутренних эпидемических центрах (Кампала для ресурсов реагирования), а не ненаправленные национальные вмешательства. Исключительная связанность пострадавших зон, обрисованная Бангелеса и др., при том что провинция Итури имеет второй по величине MII в стране, и все три зоны эпицентра превышают 95-й процентиль, делают отслеживание контактов чрезвычайно трудоемким. Отсутствие лицензированной вакцины против вируса Бундиbugyo исключает стратегию вакцинации по кругу, которая была эффективна во всех шести предыдущих вспышках Эболы в ДРК, вызванной вирусом Эбола Заира. Быстрая характеристика специфических штаммов биологических параметров через отслеживание контактов и анализ последовательного интервала может дать большую отдачу, чем уточнение операционных протоколов. Усиленное трансграничное наблюдение в рамках Международных медицинских правил 2005 года и рамок Чрезвычайной общественной безопасности АфриканскогоCDC жизненно важно для гармонизации обнаружения и реагирования по всему тройному границе ДРК-Уганда-Южный Судан.

Медицина
Медицина
77%

Сочетание окситоцина с групповая терапия на основе внимательности снижает негативные симптомы при расстройствах шизофренического спектра: тройное слепое, плацебо-контролируемое, рандомизированное контролируемое клиническое пилотное исследование (OXYMIND)

Фон. Негативные симптомы при расстройствах шизофренического спектра (РШС) остаются недостаточно лечеными и требуют новых терапевтических подходов. Окситоцин может улучшить негативные симптомы, хотя его эффекты, по всей видимости, сильно зависят от контекста в соответствии с гипотезой социальной значимости. Мы провели рандомизированное, тройное слепое, плацебо-контролируемое пилотное исследование, сочетая интраназальный окситоцин с групповой терапией на основе внимательности (ГТВ), предполагая, что положительный социальный контекст ГТВ усилит эффекты, связанные с окситоцином. Методы. 47 участников с РШС (34% женщин) были рандомизированы для получения либо 24 ME окситоцина (ГТВ+ОКТ; n = 26), либо плацебо (ГТВ+ПЛА; n = 21) перед четырьмя сессиями ГТВ. Основным результатом были негативные симптомы, оцененные с помощью подшкалы негативных симптомов Шкалы позитивных и негативных синдромов (PANSS-N) после интервенции и через 4 недели. Вторичными результатами включались Шкала кратких негативных симптомов (BNSS), Шкала самооценки негативных симптомов (SNS) и дополнительные клинические показатели. Линейные смешанные модели оценили эффекты внутри и между группами. Результаты. Общее количество выбытия составило 14,89%, при этом один случай выбытия мог быть связан с лечением. Слепота была успешной. Участники завершили 95,63% сессий. Только группа ГТВ+ОКТ продемонстрировала значительные улучшения в PANSS-N от базового уровня до пост-интервенции (d = -0,74) и на контрольном осмотре (d = -0,77), с небольшим эффектом между группами на контрольном осмотре (d = 0,39). Общая оценка BNSS значительно улучшилась только в группе ГТВ+ОКТ от базового уровня до пост-интервенции (d = -0,88) и на контрольном осмотре (d = -0,91), при этом эффекты между группами были в пользу ГТВ+ОКТ на контрольном осмотре (d = -0,38). Серьезные нежелательные явления не наблюдались. Заключение. Эти данные предполагают, что окситоцин в сочетании с ГТВ может улучшить негативные симптомы при РШС и поддерживают дальнейшие масштабные исследования. Регистрация клинических испытаний: https://clinicaltrials.gov/study/NCT06136390, Регистрационный номер: NCT06136390.

Медицина
Медицина
72%

Скрининг насыщенной мутагенеза обратной транскриптазы M-MLV выявляет варианты, увеличивающие эффективность прайм-редактирования

Прайм-редактирование обеспечивает точное модифицирование геномов, что предоставляет большие возможности для лечения генетических заболеваний. Несмотря на значительные достижения в технологии прайм-редактирования и начало первого клинического испытания для лечения хронической гранулематозной болезни, дальнейшее повышение эффективности редактирования по всем типам редактирования по-прежнему крайне необходимо. Здесь мы разработали компактный прайм-редактор, PE2ΔR, путём удаления домена RNase H обратной транскриптазы MMLV (MMLV-RT). Затем мы провели насыщенный мутагенез, нацеливаясь на два региона взаимодействия с ДНК в домене пальцев PE2ΔR-RT. Интегрируя три высокоэффективные мутации (I61R, V101R, S67W) в PEmax, не имеющий домена RNase H (названный PEmaxΔRM3), мы достигли до 90% увеличения эффективности редактирования по сравнению с PEmax. Структурное моделирование с использованием AlphaFold 3 предполагает, что эти мутации усиливают стабилизацию праймера-матрицы и направляют гибрид РНК/ДНК на катализаторно выгодную траекторию, предоставляя механистическое объяснение повышенной активности. В итоге, наше исследование демонстрирует доказательство концепции для применения беспристрастного скрининга мутагенеза для идентификации новых мутаций, которые повышают эффективность работы прайм-редактора. Более того, мы обнаружили, что варианты RT (I61R, V101R, S67W) синергизируют с PEmax и epegRNA, улучшая эффективность прайм-редактирования по всем типам редактирования, причем наибольшее улучшение было замечено при введении небольших делеций.

Медицина
Медицина
72%

Органы, полученные от пациентов, функционально стратифицируют эпителиальный рак яичников на клинически значимые фенотипы ответа на химиотерапию

Фон. Рак яичников (РЯ) демонстрирует значительную гетерогенность в ответе на платиновые химиопрепараты, что приводит к переменным клиническим результатам и частым рецидивам. Текущие биомаркеры, такие как концентрация CA-125 в сыворотке и статус мутации BRCA, неполностью предсказывают терапевтический ответ. Мы исследовали, могут ли органы, полученные от пациентов (ОПП), функционально стратифицировать чувствительность к химиотерапии и лучше отражать клиническое поведение, специфичное для пациента. Методы. В исследование были включены двадцать пациентов с РЯ, проходивших лечение в период с января 2024 года по май 2026 года, из которых были успешно установлены четырнадцать линий ОПП. Восемь ОПП с надежным расширением при низком проходе и всеобъемлющим длительным наблюдением подверглись функциональному профилированию по отношению к карбоплатину, паклитакселу, олапарибу и доксорубицину. Ответы на препараты оценивались с использованием полумаксимальной ингибирующей концентрации (IC50) и интегральной площади под кривой (AUC) и объединялись с радиологическим ответом, кинетикой CA-125 в сыворотке, статусом BRCA и беспрерывной выживаемостью (PFS). Результаты. Клинические исходы значительно варьировались, несмотря на схожие режимы лечения с платиной и таксанами. Хотя снижение CA-125 после лечения было связано с увеличением PFS, ни кинетика CA-125, ни статус мутации BRCA последовательно не предсказали терапевтический ответ. Функциональная стратификация, основанная на ОПП, разделила опухоли на четыре клинически значимых фенотипа ответа на платину и таксаны: двуочаговая чувствительность, чувствительность к платине/резистентность к таксану, резистентность к платине/чувствительность к таксану и двуочаговая резистентность. Эти функциональные категории близко отражали радиологический ответ, нормализацию CA-125 и паттерны прогрессирования заболевания. ОПП с низкими значениями IC50 и AUC были связаны с стойкой клинической выгодой, в то время как резистентные ОПП коррелировали с постоянным заболеванием и ранним рецидивом. Выводы. Функциональная стратификация, основанная на ОПП, фиксирует клинически значимую терапевтическую гетерогенность в РЯ и дополняет традиционные биомаркеры, напрямую измеряя чувствительность опухоли к препарату. Перспективная интеграция тестирования ОПП может способствовать выбору терапии, специфичной для пациента, и поддерживать подходы функциональной прецизионной онкологии при раке яичников.

Медицина
Медицина
67%

Оценка больших языковых моделей в клиническом управлении пациентами с верхним желудочно-кишечным кровотечением: данные из реальной практики.

Для оценки больших языковых моделей (БЯМ) в предэндоскопической (ПЭ) стратификации риска и предсказании эндоскопических находок при кровотечении из верхних отделов желудочно-кишечного тракта (КВУГЖ), а также для сравнения их эффективности с клиническими шкалами риска, традиционными моделями машинного обучения (МО) и гибридными подходами. Это многоцентровое ретроспективное исследование включало 384 пациента с КВУГЖ, которые прошли эндоскопию. Пять БЯМ были протестированы с использованием структурированных нулевых запросов на основе клинических и лабораторных данных ПЭ. Их эффективность в выявлении пациентов с высоким риском была сопоставлена с шкалой Глазго-Блэтчфорда (GBS), AIMS65, шкалой Рокалла для ПЭ и моделями МО. Также были оценены гибридные модели БЯМ-шкала. Два гастроэнтеролога оценили качество обоснований, сгенерированных БЯМ. GBS показала наилучшие дискриминационные показатели среди клинических шкал (площадь под кривой операционной характеристикой [AUROC] 0.73). Среди БЯМ GPT-5 достиг наивысшей точности (0.66), в то время как Grok продемонстрировала наилучшие сбалансированные показатели (0.59; F1 0.47). Gemini-2.5-Flash имела наивысшую чувствительность (0.89), но низкую специфичность (0.21). Эндоскопические предсказания имели скромную производительность, при этом Gemini-2.5-Flash достигла наивысшей точности точного соответствия (0.34) и микро-F1 (0.38). Гибридные модели улучшили результаты по сравнению с отдельными БЯМ, но не превзошли GBS (лучший: GBS+GPT-5, AUROC 0.67). БЯМ показали более высокие численные показатели по сравнению с традиционными моделями МО, но статистическое сравнение было невозможно из-за отсутствия данных на уровне экземпляров. Grok получила наивысший балл человеческой оценки за качество объяснений. БЯМ показали умеренное качество в стратификации риска КВУГЖ и предсказании эндоскопии, но уступили клиническим шкалам, особенно GBS. Гибридные модели немного улучшили показатели по сравнению с отдельными БЯМ, но не превзошли GBS, поддерживая их использование как вспомогательных инструментов, а не систем поддержки клинического решения.

Медицина
Медицина
67%

Клинические результаты после неудачной эндоскопической деторсии сигмовидной кишки: одноцентровое ретроспективное когортное исследование.

Эндоскопическая деторсия является основным методом лечения сигмовидной вирулентности (СВ); однако, деторсия не всегда бывает успешной. Мы оценили клинические результаты после неудачной эндоскопической деторсии и проанализировали рецидивы у пациентов, которые достигли клинического успеха после декомпрессии. Это одноцентровое ретроспективное когортное исследование включало 47 пациентов с первым эпизодом СВ, из которых 43 прошли эндоскопическое лечение. Базовые характеристики и краткосрочные исходы сравнивались между группами успешной и неудачной деторсии. Среди пациентов с клиническим успехом в больничном курсе и 1-летней кумулятивной рецидивности сравнивались группы успешной деторсии и успешной декомпрессии. Кумулятивный рецидив оценивался с использованием метода Каплан-Meier. Успешная деторсия была достигнута у 21 из 43 пациентов (48,8%). Среди 22 пациентов с неудачной деторсией 17 достигли клинического успеха после декомпрессии, в то время как пять имели клиническую неудачу, в том числе четверо, которым была проведена экстренная операция, и один, кто умер на следующий день. Общий уровень клинического успеха составил 88,4% (38/43). Неудачная деторсия была связана с более низким уровнем насыщения кислородом в воздухе и более высокими уровнями лактата. Клинический успех встречался реже в группе неудачной деторсии (77,3% против 100%, p=0,065), а время пребывания в больнице было длиннее (медиана 13 против 7 дней, p=0,071). Среди пациентов с клиническим успехом время до возобновления перорального питания было короче в группе успешной деторсии (медиана 1,5 против 3 дней, p=0,004), в то время как 1-летняя кумулятивная частота рецидивов была численно выше, но статистически незначительна (79,6% против 51,3%, log-rank=0,087). После оценки необходимости экстренной операции, декомпрессия как таковая может не всегда требовать немедленной повторной деторсии у выбранных пациентов, которые клинически улучшаются.