МедицинаPubMedScience Morning3 мин чтенияcohort study

Геномный ландшафт и филогенетические аспекты более чем двух десятилетий в Южном Китае и его глобальный мониторинг.

Genomic landscape and phylogenetic insights ofover two decades in southern China and its global surveillance.

Рубрика
Медицина
Источник
PubMed
DOI
10.1080/22221751.2026.2691358
Дата
01.12.2026
Автор
Science Morning
Время чтения
3 мин
Медицина

Аннотация

Мелиоидоз, вызванный Burkholderia pseudomallei, является эндемичным инфекционным заболеванием с высокой летальностью в тропических и субтропических регионах. В Китае недостаточно обширных эпидемиологических данных, в то время как комплексные данные с интеграцией геномной эпидемиологии встречаются редко во всем мире. В данном исследовании был проведен ретроспективный анализ 554 случаев мелиоидоза с подтвержденной культурой в Южном Китае с 2003 по 2022 год. Были проанализированы геномные характеристики и их связь с антимикробной чувствительностью и клиническими характеристиками с помощью секвенирования всего генома. Филогении на основе SNP основного генома были построены из выровненных данных с маской рекомбинации и сравнены с 3573 общественно доступными глобальными геномами для определения их популяционной структуры и филогеографических паттернов. Мелиоидоз в основном поражал мужчин (86,8%, 481/554) и людей в возрасте от 45 до 64 лет (57,7%). Бактериемия (OR=5,91, <0,001), сахарный диабет (OR=2,27, =0,008) и легочная инфекция (OR=2,26, =0,005) были определены как факторы риска для летальности. Тестирование антимикробной чувствительности показало высокую чувствительность к имипенему (100%) и цефтазидиму (99,6%). Анализ пангенома подтвердил хромосомную функциональную разделенность двучастного генома, а геномное исследование ассоциаций выявило высоконадежные генетические маркеры (OR >3 или <0,33), существенно связанные с летальностью и бактериемией. Более того, глобальный филогеномный анализ выявил 10 эволюционных кластеров; изоляты из Китая были значительно обогащены в Кластере 1, который образует клад, общую с тайскими штаммами, и были филогенетически отличны от Кластера 5, в который в основном входили австралийские изоляты. В заключение, данное крупномасштабное геномное и клиническое исследование предоставляет самый полный обзор мелиоидоза в Южном Китае. Геномный анализ подчеркнул значительное региональное и глобальное генетическое разнообразие и филогеографическую структуру, подчеркивая важность продолжения геномного мониторинга.

Краткое резюме

Данное исследование представляет собой обширный анализ мелиоидоза в Южном Китае, выявляя ключевые геномные характеристики и их связь с клиническими исходами. Показано, что заболевание преимущественно затрагивает мужчин среднего возраста, с важными факторами риска, такими как наличие сахарного диабета и легочных инфекций. Геномный анализ также демонстрирует высокую чувствительность к антимикробным препаратам и генетическое разнообразие, что подчеркивает необходимость дальнейшего мониторинга заболеваний.

Практический вывод

Необходимость постоянного геномного мониторинга мелиоидоза в целях улучшения профилактических и лечебных стратегий, особенно в эндемичных регионах.

Ограничения

Исследование ограничено данными только из Южного Китая и не охватывает другие регионы, что может повлиять на обобщаемость результатов. Кроме того, некоторые клинические факторы могут быть недооценены из-за отсутствия информации в медицинских записях.

Похожие исследования

Подборка учитывает рубрику, ключевые слова, аннотацию, резюме, практические выводы и источник.

Медицина
Медицина
92%

Периферийный иммунный ландшафт человеческого рака молочной железы.

Клиническое управление пациентами с раком молочной железы в значительной мере определяется стадией опухоли, подтипом заболевания и (по крайней мере в некоторых случаях) специфическими молекулярными особенностями (мутациями, позитивностью PD-L1). Однако не все пациенты с раком молочной железы реагируют на терапевтические подходы, которые точно нацелены на их заболевание. Это может частично объясняться тем фактом, что опухоли молочной железы имеют высокую гетерогенность с точки зрения широкой иммунологической перспективы, даже когда они демонстрируют схожие подтипы заболевания и молекулярные характеристики. Таким образом, интеграция дополнительных иммунологических параметров в существующие алгоритмы принятия решений может значительно улучшить клиническое управление этой большой популяцией пациентов. В этом контексте циркулирующие показатели глобальной иммунной готовности и текущего антитуморного иммунитета выделяются как особенно перспективные инструменты для минимально инвазивной прогностической и/или предсказательной оценки. Здесь мы резюмируем и критически обсуждаем циркулирующий иммунный ландшафт человеческого рака молочной железы, по мере возможности сравнивая по подтипам заболевания, стадиям и результатам лечения.

Медицина
Медицина
82%

Является ли ключевым медиатором между оральными инфекциями и системными заболеваниями? Механистические аспекты и терапевтические последствия.

выступает как патобионт, который связывает оральную дисбиозу с системными заболеваниями через коагрегацию, гематогенное распространение и модуляцию иммунного ответа. Этот обзор предоставляет молекулярные сведения о том, как они участвуют в системных заболеваниях, таких как рак толстой кишки, неблагоприятные исходы беременности, сердечно-сосудистые заболевания, нейродегеративные расстройства и диабет mellitus. Ключевыми факторами вирулентности являются адгезины FadA, Fap2 и RadD, липополисахариды и везикулы наружной мембраны, которые способствуют эпителиальной инвазии и проницаемости эндотелия, а также способствуют подавлению иммунного ответа через сигнальные пути TLR4-NF-κB, β-катенин/Wnt и MAPK. Эти взаимодействия приводят к нарушению гомеостаза тканей, поддерживают хроническое воспаление и способствуют онкогенному и метаболическому модифицированию. Системная плейотропия further substantiated by its involvement in chemoresistance, placental dysfunction, vascular inflammation, and neuronal injury, substantiating its systemic pleiotropy. Появляющиеся терапевтические стратегии, такие как блокировка адгезинов, нейтрализация везикул наружной мембраны, манипуляции с микробиомом и использование методов очистки на основе CRISPR, обеспечивают прецизионные методы для смягчения заболеваний. Таким образом, этот обзор идентифицирует как основной микробный медиатор орально-системной патологии и его трансляционное значение в разработке целевых антимикробных и направленных на хозяина терапий.

Медицина
Медицина
72%

Распространение вируса гепатита B с помощью функции заболеваемости Беддингтона-ДеАнджелиса и нейронной сети прямого распространения с оптимальным контролем.

Используя подходящую математическую модель, это исследование направлено на изучение динамики передачи и оптимального контроля распространения вируса гепатита B, применяя функцию заболеваемости Беддингтона-ДеАнджелиса, гибридный метод 4-го порядка Рунге-Кутты (RK4) и нейронную сеть прямого распространения (FFNN), поскольку интеграция эпидемиологических моделей с нейронными сетями особенно важна для представления распространения заболеваний. Условия хорошо поставленной задачи, а также локальные и глобальные условия устойчивости получены с использованием порогового параметра. Некоторые чувствительные эпидемические параметры и их относительное влияние количественно оценены. Основываясь на локальных и глобальных свойствах модели и анализе чувствительности, сформулирована задача управления для контроля инфекции путем минимизации ориентированной на HBV популяции и максимизации выздоровевшей популяции с использованием трех контрольных мер. Наконец, используется гибридный метод контролируемой FFNN и RK4 с двумя скрытыми слоями, чтобы эффективно аппроксимировать временные динамические изменения передачи HBV и подтвердить теоретические результаты, а также эффекты контроля.

Медицина
Медицина
72%

Вариации глобальной асимметрии мозга связаны с возрастом и сопутствующими заболеваниями.

Латерализация является отличительной чертой организации мозга, однако структурная основа, лежащая в основе этого феномена, остается критически важным и нерешенным вопросом в области когнитивной и системной нейронауки. В этом исследовании мы применили многомерные методы машинного обучения для изучения вариаций глобальной асимметрии мозга и их ассоциаций с когнитивными функциями, старением и заболеваниями, связанными со старением, используя крупномасштабные наборы данных. Наши результаты раскрыли значительные и ранее неизвестные структурные различия между полушариями и установили ключевые связи между структурными асимметриями и латерализованными функциями. На уровне популяции мы выявили уникальные траектории старения полушарных различий и обнаружили специфические для диагноза вариации у пациентов с болезнью Альцгеймера и болезнью Паркинсона, а также у носителей генетического риска ε4. Примечательно, что мы идентифицировали паттерн "левого старения", который ставит под сомнение традиционную модель "правого старения". В совокупности эти результаты способствуют нашему пониманию функциональной латерализации в человеческом мозге и подчеркивают потенциал глобальной асимметрии мозга как биомаркера старения мозга и связанных с ним заболеваний.

Медицина
Медицина
72%

Риск послеродового цитомегаловируса не превышает пользу от сырого молока матери.

Цитомегаловирус (ЦМВ) человека вызывает инфекцию на всю жизнь, и в настоящее время не существует вакцины или лечения. Послеродовым путем младенцы могут заразиться вирусом, потребляя сырое грудное молоко (ГМ) от серопозитивных матерей. Большинство таких инфекций протекают бессимптомно и не приводят ни к краткосрочным, ни к долгосрочным проблемам со здоровьем. Тем не менее, недоношенные младенцы могут испытывать серьезные заболевания, степень тяжести которых обратно пропорциональна сроку их гестации на момент инфекции. Учитывая риск симптоматического заболевания, были предложены эмпирические методы лечения для предотвращения вирусной передачи через ГМ. Однако Американская академия педиатрии и Всемирная организация здравоохранения рекомендуют кормить недоношенных младенцев сыром ГМ матери, поскольку здоровье младенцев выигрывает больше от грудного молока, чем риски, связанные с послеродовым заражением ЦМВ. В этом обзоре обсуждаются преимущества предоставления сырого грудного молока матери недоношенным младенцам. Также объясняется, как процедуры стерилизации молока могут изменить его питательный состав, что приведет к замедлению роста и повышенной заболеваемости среди этой группы пациентов. Кроме того, исследуется послеродовая инфекция ЦМВ у недоношенных младенцев, включая известные клинические проявления, рекомендации по лечению и возможные исходы.

Медицина
Медицина
67%

Предсказание ранних стадий болезни Альцгеймера и выявление ключевых биомаркеров с использованием глубоких искусственных нейронных сетей и ансамбля методологий машинного обучения

Болезнь Альцгеймера (БА) – это расстройство мозга, которое развивается медленно и в основном затрагивает память, мышление, язык и повседневную деятельность. Это одно из самых распространенных причин деменции и создает множество трудностей как для пациентов, так и для их семей. На ранней стадии симптомы часто слабо выражены и могут напоминать нормальное старение. По этой причине многие люди получают диагноз слишком поздно, когда болезнь уже прогрессирует. В настоящее время полного лекарства от БА не существует. Тем не менее, ранняя диагностика может помочь врачам лучше управлять состоянием пациента и предпринять необходимые шаги вовремя. В этом исследовании предлагается модель машинного обучения для определения ранних стадий болезни Альцгеймера на основе клинических данных, результатов нейропсихологических тестов и мер, связанных с нейровизуализацией. Данные, использованные в работе, собраны из Инициативы по нейровизуализации болезни Альцгеймера (ADNI). Поскольку в наборе данных есть пропущенные значения, применяется итеративная импутация для их заполнения. Набор данных также имеет несбалансированные классы, что решается с помощью метода Borderline SVM-SMOTE. Затем проводится отбор признаков с использованием оберток и встраиваемых методов, чтобы использовать только важные признаки для обучения. Выбранные признаки делятся на обучающие и тестовые наборы, и применяется масштабирование признаков. Разрабатывается ансамблевая модель стекового обучения с использованием логистической регрессии, Extra Trees, Bagging KNN и LightGBM в качестве базовых классификаторов. Кроме того, также обучается искусственная нейронная сеть на том же наборе данных. Эффективность этих моделей сравнивается по таким метрикам, как точность, полнота, F1-меры и AUC-ROC. Цель этого исследования состоит в том, чтобы найти лучший классификатор и выявить важные биомаркеры, которые могут помочь в ранней диагностике болезни Альцгеймера.