БиологияPubMedChen W, Liu J, Ullah A, Dou M et al.3 мин чтенияanimal study
Интеграция многоомных данных раскрывает молекулярные механизмы, лежащие в основе дифференциации каштанов и кожи у ослов Дэчжоу.
Multiomic data integration unveils molecular mechanisms underlying chestnut and skin tissue differentiation in Dezhou donkeys.
Карточка статьи
Рубрика
Биология
Источник
PubMed
DOI
10.1186/s12864-026-13142-7
Дата
13.07.2026
Автор
Chen W, Liu J, Ullah A, Dou M et al.
Время чтения
3 мин
Аннотация
Каштаны ослов – это безволосые, темноокрашенные кератинизированные структуры, расположенные на медиальных конечностях передних лап. Они анатомически отличаются от окружающей кожи. Несмотря на их уникальную морфологию, молекулярные механизмы, лежащие в основе их формирования и функции, остаются слабо изученными. Для изучения тканей каштанов и кожи у четырех ослов Дэчжоу был применен интегрированный многоомный подход. Для оценки транскриптомных различий было проведено секвенирование РНК (RNA-seq) на шести образцах, за которым последовало секвенирование РНК на уровне отдельных клеток (scRNA-seq) для определения клеточного состава и протеомный анализ для характеристики паттернов экспрессии белков. В ткани каштанов было выявлено исключительно высокое выражение кератина, включая KRT1, KRT5, KRT10 и KRT14 (TPM > 13 000), а также обогащение эндотелиальными клетками, перицитами, T-лимфоцитами и тучными клетками. Протеомный анализ показал значительное увеличение уровня коллагена I (COL1A1/COL1A2), что указывает на активную ремоделирование внеклеточного матрикса. Анализ путей выявил обогащение активностью пероксисом, метаболизмом жирных кислот, сигнальным путем PPAR и сетью PI3K-Акт. Эти результаты в целом демонстрируют, что каштан осла является метаболически активной специализированной барьерной тканью с уникальным клеточным и молекулярным профилем. Его уникальные сигнатуры, связанные с кератинизацией, пигментацией и обогащением иммунными клетками, предполагают потенциальные функции в барьерной защите и регуляции воспаления, что создает основу для дальнейшего изучения биологического значения этой малоизученной структуры.
Краткое резюме
Исследование каштанов у ослов Дэчжоу применяет многоомный подход для изучения их молекулярных механизмов. Выявлено высокое выражение кератина и активное ремоделирование внеклеточного матрикса. Уникальные клеточные и молекулярные профили каштанов могут указывать на их роль в защите и регуляции воспаления.
Практический вывод
Полученные данные могут помочь в дальнейшем изучении биологических функций каштанов у ослов, что имеет значение для понимания их роли в иммунной защите и структурной устойчивости.
Ограничения
Данное исследование было проведено на ограниченном количестве образцов ослов Дэчжоу, что может ограничить универсальность полученных результатов. Также необходимы дальнейшие исследования для подтверждения ролей, выявленных в данной работе.
Высокие затраты и сбои в цепочке поставок представляют собой реальные проблемы для внедрения децентрализованных молекулярных платформ для обнаружения МБТ (Mycobacterium tuberculosis) в условиях ограниченных ресурсов. В данном исследовании была оценена стоимость, осуществимость и приемлемость интеграции анализов Cobas MTB и MTB-RIF/INH (Roche Diagnostics GmBH, Мангейм, Германия) в потоки высокопроизводительного тестирования на ВИЧ с использованием системы Cobas 8800 в округе Бусия, Кения. Данные о количестве образцов и тестирований были собраны в больнице Порт Виктория. Остаточные образцы мокроты (≈ 1208), собранные для тестирования на децентрализованной платформе GeneXpert (Cepheid, Санта-Клара, Калифорния, США) (стандартное обслуживание), были проанализированы на централизованной системе Cobas 8800. Затраты на единицу были оценены с использованием подхода на основе ингредиентов, параметризованного в Модели стоимости тестовой платформы, с использованием данных реального объема тестирования. Осуществимость и приемлемость интегрированного тестирования на системе Cobas 8800 были оценены с помощью качественных опросов и анализа рабочих процессов. Интегрированная высокопроизводительная система Cobas 8800 поддерживала стабильные объемы тестирования (медиана, 94 образца/день), в то время как объем тестирования на децентрализованных платформах GeneXpert был спорадическим (медиана, четыре образца/день) из-за сбоев в цепочке поставок и отсутствия запасов. Затраты на единицу интегрированного подхода варьировались от 16,04 доллара США (в сценарии наилучшего случая) до 18,97 долларов США (в сценарии наихудшего случая). Затраты на единицу GeneXpert составили 23,53 доллара США при ожидаемом использовании и 78,63 доллара США в наихудшем случае. Осуществимость и приемлемость были высокими. Это исследование проводилось в округе Бусия, Кения, что потенциально ограничивает обобщаемость результатов для регионов с другой системой здравоохранения или объемами тестирования. Анализ не оценивал клиническое воздействие (например, время до начала лечения) и предполагал наличие недоиспользуемой мощности на существующих высокопроизводительных платформах. Интеграция молекулярного тестирования на МБТ в устоявшиеся высокопроизводительные потоки тестирования на ВИЧ обеспечила большую экономическую стабильность по сравнению с децентрализованной инфраструктурой и была осуществима и приемлема для лабораторного персонала. Стратегическое масштабирование интегрированной высокопроизводительной диагностики для дополнения тестирования на месте может смягчить волатильность затрат, оптимизировать недоиспользуемую мощность тестирования и помочь сократить национальный разрыв в диагностике туберкулеза в условиях высокого бремени и ограниченных ресурсов.
Расстройства сна, включая лишение сна, обструктивное апноэ сна (ОАС) и разрушение циркадных ритмов, а также метаболические заболевания, такие как ожирение и диабет 2 типа, представляют собой значимые взаимосвязанные проблемы общественного здравоохранения. Этот обзор направлен на синтез текущих доказательств двустороннего взаимодействия между этими состояниями с акцентом на посредническую роль нарушенной секреции адипокинов. Мы разрабатываем механистическую основу, в которой специфические расстройства сна нарушают циркадные ритмы и изменяют секреторные профили ключевых адипокинов, включая лептин, адипонектин, интерлейкин-6 (IL-6) и ангиопоэтиноподобный белок 4 (ANGPTL4). Лишение сна и его фрагментация способствуют состоянию нарушения секреции лептина и снижению уровней адипонектина, в то время как интермиттирующая гипоксия, вызванная ОАС, существенно увеличивает уровни IL-6 и ANGPTL4. Эти изменения совместно способствуют инсулинорезистентности, дислипидемии и хроническому низкосимптомному воспалению, тем самым повышая риск метаболических заболеваний. В свою очередь, ожирение и диабет усугубляют расстройства сна через механизмы, связанные с висцеральным ожирением, нейроэндокринной дисфункцией (например, активация оси HPA) и симптомами, связанными с диабетом (например, ночной мочеиспускание, невропатическая боль), образуя замкнутый круг. Клинические и преклинические доказательства подчеркивают, что синхронизация сна и циркадной биологии является основополагающей для поддержания гомеостаза адипокинов и метаболического здоровья. Данные помещают здоровье сна и циркадное здоровье в ряд критически важных, модифицируемых факторов риска метаболических нарушений. Интеграция оценки сна и основанных на доказательствах вмешательств (например, СИПАП для ОАС, увеличение продолжительности сна, коррекция циркадных ритмов) в стандартные профилактические и клинические рамки для метаболических заболеваний является многообещающей стратегией. Инициативы в области общественного здравоохранения должны возвысить 'качество сна' как основополагающий аспект здоровья наряду с питанием и физической активностью, чтобы смягчить взаимозависимые эпидемии метаболических и расстройств сна.
Эректильная дисфункция (ЭД), связанная с длительным потреблением высокожирной пищи (ВЖП), все больше рассматривается как проявление системных метаболических и сосудистых нарушений. Настоящее исследование направлено на оценку терапевтического действия классической уйгурской медицинской формулы Бах (BAKHF) на ЭД, вызванную ВЖП, у крыс, а также на выяснение ее механизмов действия. Самцы крыс с ЭД, вызванной ВЖП, были случайным образом распределены на группы: модель, Yimusake (YMSK, положительный контроль) и BAKHF. YMSK служил фармакологической эталонной группой для валидации модели и оценки эффектов BAKHF на эректильную функцию, гистологию и гематологию. Эдектильную функцию оценивали по максимальному интракавернозному давлению к среднему артериальному давлению (ICP/MAP), тестам сексуального поведения и биохимическим анализам. Основным исходом была эректильная функция, оцененная по ICP/MAP, а вторичными исходами стали метаболические, эндокринные, молекулярные и гистопатологические параметры. Потенциальные механизмы действия BAKHF были раскрыты с помощью интегрированных трансктомных, протеомных и сетевых фармакологических анализов, в сочетании с химическим профилированием сывороточно-абсорбированных соединений, молекулярным докингом, RT-qPCR и Western blot. Как BAKHF, так и YMSK улучшили эректильную функцию, характеризующуюся повышенными соотношениями ICP/MAP и улучшенными параметрами сексуального поведения. Гистологически обе формулы восстановили кавернозную структуру полового члена, уменьшили отложение коллагена и увеличили содержание гладкомышечных клеток, что подтверждает роль YMSK как надежного фенотипического эталона для модели. Однако BAKHF продемонстрировала более высокую эффективность в восстановлении системного метаболического и эндокринного гомеостаза, включая нормализацию потребления пищи и сывороточных липидных профилей. Последующие механистические анализы сосредоточились на BAKHF и выявили ее регуляторную роль в АМПК-связанных метаболических и цитоскелетных путях. Были идентифицированы пять сывороточно-абсорбированных соединений, включая розмариновую и феруловую кислоты, как потенциальные биоактивные компоненты, нацеленные на ключевые узлы, такие как GAPDH, PPARγ и ESR1. Эти результаты предполагают, что BAKHF действует через многокомпонентный, многотаргетный и многопутевой синергизм, потенциально вовлекая сигнализацию AMPK для регуляции метаболического и тканевого гомеостаза при ЭД, вызванной ВЖП. Интеграция многоомных анализов с экспериментально подтвержденными сывороточно-абсорбированными соединениями и механистической валидацией укрепляет биологическую правдоподобность результатов. Однако существуют ограничения, включая отсутствие специфических генетических или фармакологических вмешательств и нерешенные вклады отдельных компонентов.
β-адренергические рецепторы (β-АРы) способствуют индукции бежевых адипоцитов у грызунов и людей, однако доминирующий человеческий подтип, β2-АР или β3-АР, остается предметом споров. Целью настоящего исследования было подтвердить, могут ли адипоциты, полученные из мезенхимальных стволовых клеток, извлеченных из жировой ткани человека (hADSCs), служить моделью с потенциалом бежевого ожирения при соответствующих стимуляциях, релевантных человеку, и сравнить участие β2-АР и β3-АР в дифференцировке бежевых адипоцитов, производимых hADSCs. hADSCs были дифференцированы в адипоциты с использованием адипогенного коктейля в присутствии или отсутствия стимуляции, релевантной человеку, или селективных агонистов β2-АР/β3-АР с или без селективных антагонистов β2-АР/β3-АР. Неселективная активация β-АР индуцирует бежевую адипогенезу наряду с экспрессией мРНК и/или белка маркеров бежевого ожирения, включая белок лишения сродства 1 (UCP1), появление многооксидационных адипоцитов и улучшенные показатели митохондриального дыхания. Более того, норэпинефрин, форсколин и тригонеллин увеличивали экспрессию мРНК и/или белка UCP1. Фармакологическая диссекция с применением селективных агонистов и антагонистов по подтипам показала, что активация β2-АР, но не β3-АР, необходима и достаточна для индукции UCP1. Блокада β2-АР устранила повышение UCP1, в то время как блокада β3-АР оказала минимальное влияние. Селективная стимуляция β2-АР повторила ответ на бежевое ожирение. Настоящее исследование устанавливает адипоциты, производимые из hADSCs, как практическую, релевантную человеку платформу для скрининга фармакологических агентов и соединений, полученных из пищи, и идентифицирует β2-АР как целевой объект, который может быть использован для индуцирования бежевых адипоцитов у людей.
Точное экспрессия генов, зависящая от РНК-полимеразы II (РНКполи II), требует динамического фосфорилирования карбоксильного терминала (КТД) ее крупнейшей субъединицы, Rpb1, чьи гептапептидные повторы образуют регуляторную платформу, известную как код КТД. Циклиновые зависимые киназы, ассоциированные с транскрипцией (tCDK), и фосфатазы КТД координируют циклы фосфорилирования и дефосфорилирования РНКполи II на протяжении транскрипции, связывая синтез РНК с сопутствующей обработкой и регуляцией хроматина. Контролируя модификацию КТД на конкретных стадиях, эти ферменты интегрируют активность РНКполи II в более широкие регуляторные сети. Нарушение тонкого баланса между киназами и фосфатазами приводит к ухудшению точности транскрипции, созреванию РНК и стабильности генома, как напрямую через изменение фосфорилирования КТД, так и косвенно через связанные пути. Такие изменения все чаще связывают с нарушениями развития, нейродегенерацией и раком. Здесь мы синтезируем современные знания о динамике фосфорилирования РНКполи II, подчеркивая ключевые механистические принципы, связи с заболеваниями человека и новые терапевтические стратегии, нацеленные на эту центральную фосфорилирование-зависимую регуляторную систему.
Развитие конечностей хордовых животных является отличной моделью для понимания того, как эпигенетические механизмы координируют интеграцию пространственной информации и временных сигналов для формирования сложных трехмерных структур. Все больше фактов свидетельствует о том, что механизмы, связанные с хроматином, включая метиляцию ДНК, модификации гистонов и организации хроматина более высокого порядка, определяют способность предшественников клеток реагировать на морфогенетические сигналы с пространственной и временной точностью во время развития конечностей. В этом обзоре рассматривается, как эпигенетические механизмы организуют и регистрируют основные этапы формирования конечностей: от спецификации поля и индукции зачатков до морфогенеза, дифференциации клеточных линий и запрограммированной клеточной смерти. Здесь мы изучаем, как ремоделирование хроматина, модификации гистонов и ДНК, а также взаимодействия между усилителями и промоторами функционально сливаются с путями развития, чтобы контролировать программы экспрессии генов, которые определяют время, позиционную идентичность и решения о судьбе клеток. Кроме того, в этом обзоре подчеркиваются последние достижения, которые связывают эпигенетические ландшафты с морфогенетическими исходами, и обсуждается, как сравнительные эпигеномные подходы пересматривают наше понимание эволюционной диверсификации в морфологии конечностей.