Энергетическая защита, монотонность и переключение вдали от равновесия
Energetic Protection, Monotonicity and Switching Far from Equilibrium
Карточка статьи
Рубрика
Биология
Источник
arXiv
Дата
06.07.2026
Автор
Science Morning
Время чтения
3 мин
Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование.
Аннотация
В состоянии равновесия соотношение двух стационарных вероятностей представляется фактором Больцмана, определяемым разницей свободной энергии. Такие соотношения являются естественными и независимыми от нормализации показателями как термодинамики, так и обработки информации, и часто используются в качестве меры точности в биофизических системах. Что происходит с этими соотношениями, когда система выходит из равновесия, и фактор Больцмана больше не выполняется? Представляя марковские процессы в виде графов, а их стационарные состояния как средние значения по распределению на остовных деревьях, \emph{остовное распределение}, мы отслеживаем соотношение $π_i/π_j$ при воздействии вдоль \emph{энергетических границ}, где нарушается детальный баланс, относительно его значения в равновесии. Наша ключевая находка заключается в том, что выбранное соотношение может оставаться точно зафиксированным на своём равновесном значении на произвольном расстоянии от равновесия, феномен, который мы называем \emph{энергетической защитой}, всякий раз, когда выполняется алгебраическое равенство между весами остовного дерева. Так же, как детальный баланс ограничивает скорости вокруг циклов, энергетическая защита ограничивает веса между деревьями, обеспечивая новый механизм устойчивости к колебаниям приложенной силы, таким как изменения концентрации АТФ. Вне этого равенства воздействие одной границы приводит к коллапсу реакции на два остовных коэффициента и заставляет её быть монотонной, так что немонотонное управление с помощью одной границы невозможно при любой силе. С двумя энергетическими границами защита и монотонность объединяются в \emph{термодинамический переключатель}, который удерживает функцию на её равновесном значении столько, сколько необходимо, и резко её освобождает. Известно, что равновесие устанавливает пределы для обработки информации. Мы показываем, что новые ограничения, как принципы невозможности, так и точные инварианты, сохраняются вдали от равновесия. Эти результаты раскрывают, как локализация энергетических затрат управляет функциональной логикой неравновесных систем в физике и биологии.
Краткое резюме
Исследование раскрывает, как системы, находящиеся вдали от равновесия, сохраняют определённые соотношения вероятностей и показывают новые механизмы устойчивости и контроля в термодинамике и биофизике.
Практический вывод
Данное исследование предлагает новый взгляд на управление динамикой биофизических систем и может быть применимо для разработки более эффективных методов регулирования процессов в живых организмах.
Ограничения
Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование. Исследование фокусируется лишь на определённых условиях и механизмах, и результаты могут не применяться ко всем неравновесным системам. Также требуется дальнейшая проверка и расширение моделей на практике.
Обширные доказательства подтверждают высокую эффективность вакцин против вируса папилломы человека (ВПЧ) у молодых девушек; однако данные о реальной эффективности вакцины (ЭВ) среди женщин, привитых в возрасте от 18 до 45 лет, остаются ограниченными, особенно в Китае, где состояние ВПЧ на момент вакцинации часто неизвестно. Мы провели основанное на популяции исследование с использованием дизайна «тест-отрицательный» с соответствующими контрольными группами, используя связанные записи оScreening раке шейки матки и вакцинации в Шэньчжэне, Китай. Случаи с положительным результатом на высокоонкогенные типы ВПЧ (группа hrHPV) были сопоставлены 1:1 с отрицательными контрольными группами по возрасту, дате скрининга, регистрации по месту жительства и типу скрининга. Эффективность вакцины для хотя бы одной дозы была оценена с использованием условной логистической регрессии и стратифицирована по времени после вакцинации, валентности вакцины и возрасту на момент вакцинации. Среди 7060 сопоставленных пар общая ЭВ значительно увеличивалась с течением времени после вакцинации: 6,4% (95% ДИ: -3,9% до 15,7%) через менее чем год, 17,9% (5,5% до 28,7%) на 1-<2 года и 40,2% (29,6% до 49,2%) на 2 года и более. Среди женщин, вакцинированных не менее 2 лет назад, ЭВ против ВПЧ16/18 составила 48,4% (33,7% до 59,8%) для 2-/4-valent вакцин и 54,4% (26,5% до 71,7%) для 9-valent вакцины. Значительная защита на 2 год и более была зарегистрирована среди всех групп по возрасту на момент вакцинации: 45,7% (25,0% до 60,7%) для возрастной группы 18-26 лет, 39,6% (23,5% до 52,4%) для возрастной группы 27-35 лет и 35,5% (12,6% до 52,4%) для возрастной группы 36-45 лет. В заключение, вакцинация против ВПЧ обеспечивает умеренную защиту от положительности ДНК высокоонкогенных типов ВПЧ среди китайских женщин, привитых в возрасте от 18 до 45 лет. Тем не менее, поскольку этот результат отражает лишь одноразовый косвенный вирологический конечный пункт, а не персистирующую инфекцию или клиническое заболевание, взрослые женщины должны продолжать регулярные обследования на рак шейки матки.
Динамический оптимальный транспорт объединяет оптимальный транспорт, механику жидкостей и теорию градиентного течения в рамках непрерывной динамики, предлагая язык, учитывающий геометрию, для применения в физике, биологии и машинном обучении. Однако традиционные формулировки рассматривают его как задачу ограниченной оптимизации, которая должна явно удовлетворять уравнению сохранения массы, что затрудняет реконструкцию базовой динамики напрямую из данных. Мы предлагаем энергетический вариационный метод для динамического оптимального транспорта (EVMDOT), который реформулирует проблему в рамках энергетической вариационной теории, сочетая карту потока, принцип наименьшего действия и принцип максимальной диссипации. Карта потока преобразует ограниченную задачу в неограниченную, автоматически обеспечивая выполнение уравнения сохранения массы, в то время как баланс между консервативными и диссипативными силами определяет поле скоростей. Примененный к уравнению Фоккера-Планка, EVMDOT восстанавливает как энергетический ландшафт, так и ландшафт Уаддингтона напрямую из временных данными о плотности. В ходе численных экспериментов мы выяснили, что EVMDOT достигает внутреннего баланса между количеством и качеством данных: достаточное количество данных компенсирует ограниченное качество данных, что делает реконструкцию устойчивой к выбору окна наблюдения. Мы также применили EVMDOT к набору данных Инициативы нейровизуализации болезни Альцгеймера (ADNI) для вывода потенциального ландшафта амилоидного бета и тау, выявляя два минимума, соответствующих когнитивно нормальному состоянию и стадии болезни Альцгеймера, а также переходный путь между ними.
Соляной стресс серьезно ограничивает рост пшеницы, нарушая фотосинтез, осмотический баланс и клеточный редокс-гомеостаз. В данном исследовании оценивалось, могут ли агматин и N-гидроксипипеколовая кислота, применяемые отдельно или в комбинации, улучшить толерантность пшеницы при стрессе от 200 мМ NaCl. Пшеница выращивалась в тепличных условиях и подвергалась обработке агматином (100 мкМ), N-гидроксипипеколовой кислотой (0,01 мкМ) или их совместным применением. Соляной стресс снижал рост, площадь листьев, относительное содержание воды в листьях, содержание хлорофилла, газообмен, активность Рубиско и накопление биомассы, одновременно увеличивая уровень перекиси водорода, перекисное окисление липидов и утечку электролитов. Оба вещества улучшали характеристики пшеницы при засолении, но их комбинированное применение дало наилучший результат по всем измеренным параметрам роста, фотосинтетическим, осмотическим и антиоксидантным признакам. Комбинированная обработка повысила рост корней и побегов, поддерживала более высокое содержание хлорофилла и активность Рубиско, способствовала газообмену и увеличивала накопление растворимого сахара. Также было снижено окислительное повреждение за счет увеличения активности каталазы, пероксидазы, супероксиддисмутазы и глутатионредуктазы. Кроме того, комбинированное лечение увеличивало накопление пролина и активировало ключевые ферменты, участвующие в метаболизме пролина, что указывает на улучшение осмотической регуляции при солевом стрессе. Эти результаты свидетельствуют о том, что агматин и N-гидроксипипеколовая кислота действуют через взаимодополняющие физиологические и биохимические пути для улучшения солеустойчивости пшеницы. Комбинированное лечение может предложить полезную фольярную стратегию для улучшения характеристик пшеницы в условиях солености, однако перед практическим применением необходимо провести валидацию в полевых условиях и оптимизацию дозировки.
Высоко патогенные вирусы птичьего гриппа A(H5N1) клада 2.3.4.4b, генотипа D1.1, являются причиной широко распространенных вспышек среди птицы и продолжают вызывать спорадические, иногда серьезные, инфекции у людей. В данном исследовании мы охарактеризовали дикий штамм вируса гриппа A(H5N1) D1.1 (BC-H5N1-WT) и его вариант с мутированным нейрамидазом H275Y (BC-H5N1-H275Y), обнаруженные на фермах в Британской Колумбии, Канада, во время вспышки осенью 2024 года. Анализ оценивал кинетику репликации в клетках MDCK, супернатанты собирались на разных днях после инфицирования (p.i.) и титровались с помощью TCID и qRT-PCR. Чувствительность к ингибиторам нейроминидазы была определена с помощью проб ингибирования NA, в то время как чувствительность к балкилавирной кислоте оценивалась с использованием теста на снижение бляшек. Вирулентность оценивалась у мышей BALB/c, инфицированных сериями 10-кратных разводнений каждого вируса для мониторинга потерь веса и смертности. Вирусные титры в легких, мозге, носу, почках, селезенке и сердце были количественно оценены на 4-й день p.i. Вирус BC-H5N1-WT был чувствителен ко всем четырем протестированным противовирусным препаратам, в то время как BC-H5N1-H275Y проявил устойчивость к осельтамивиру и перамивиру, но остался чувствителен к занамивиру и балкилавирной кислоте. Вирус BC-H5N1-WT продемонстрировал значительно более высокие титры вирусной репликации, чем BC-H5N1-H275Y на всех протестированных временных точках и показал большие размеры бляшек. У мышей вирус BC-H5N1-WT был более вирулентным с LD50 значениями 1.78 × 10 PFUs по сравнению с 8.71 × 10 PFUs для BC-H5N1-H275Y, и производил более высокие вирусные титры в легких и других органах. Несмотря на сниженные фитнес-показатели устойчивого варианта H5N1 D1.1, его возникновение в отсутствие вирусного селекционного давления подчеркивает необходимость продолжающегося мониторинга.
Геномное редактирование все чаще рассматривается как перспективная технология селекции для укрепления агропродовольственной системы. Однако его успех во многом зависит от принятия технологии фермерами, что остается недостаточно исследованной темой в текущей литературе. В этом исследовании применяется модель целенаправленного поведения (MGB) для изучения намерения фермеров принять геномно редактированный (GE) маниок, устойчивый к болезни коричневых полос маниока, в гипотетическом сценарии развивающейся страны. Данные были собраны через поперечное обследование 357 фермеров маниока на севере Уганды и проанализированы с помощью частичного наименьшего квадратного структурного моделирования. Результаты показывают, что фермеры имеют положительные намерения по отношению к принятию GE маниока, если он станет доступен на рынке. Однако их намерения относительно принятия зависят от их отношения, восприятия контроля над поведением, желания, положительных ожидаемых эмоций и субъективных норм. Негативные ожидаемые эмоции и субъективные нормы не оказали значительного влияния на желание принять GE маниок. Полученные данные также подчеркивают посредническую роль желания и роль аффективных факторов в формировании намерений по принятию, подчеркивая важность двойного подхода в вопросах принятия сельскохозяйственных технологий. Уровень образования фермеров и опыт стали важными модераторами для определенных путей модели, указывая на необходимость сегментированного подхода к содействию принятию GE маниока, когда он станет доступен. Это исследование вносит эмпирический вклад, расширяя применение MGB в области сельскохозяйственной биотехнологии и предлагает практические рекомендации для развития и внедрения GE культур в контексте развивающихся стран, таких как Уганда.
Хондроциты суставов и хондроциты пластин роста имеют общего предшественника, но расходятся в процессе развития для образования различных типов хрящевых тканей, специфичных для их функций: постоянные суставные хондроциты создают и поддерживают бесфрикционную поверхность для артикуляции сустава, в то время как временные хондроциты пластин роста закладывают матричный фундамент для новой кости. После травмы суставные хондроциты могут аномально подвергаться изменениям, схожим с дифференцировку клеток пластин роста. Процессы, контролирующие как расхождение этих линий во время развития, так и изменение судьбы в заболевание, плохо поняты, но являются важными для разработки новых терапий, направленных на замедление дегенерации сустава. Мы создали модель развития человеческого хряща, используя человеческие плюрипотентные стволовые клетки (hPSCs), где сами клетки порождают зонально организованные суставные хрящевые ткани, подобные родному суставному хрящу. Мы подвергли эти ткани испытаниям в определенные моменты времени во время дифференцировки, точно определив время ограничения линии. Долгосрочные функциональные эксперименты в сочетании с секвенированием РНК одиночных клеток в течение дифференцировки и после испытания выявили ключевую роль внеклеточного матрикса в модуляции активности хондроцитов и определили терапевтические мишени, которые могут замедлить патогенную дифференцировку и прогрессирование заболеваний.