Искусственный интеллектbioRxivPiat, L., Denni, S., Dubois, S., Linard, B. et al.3 мин чтенияpreprint
Моделирование популяционных пангеномов под коалесцентными демографическими моделями с помощью MSpangenome
Simulating population pangenomes under coalescent demographic models with MSpangenome
Карточка статьи
Рубрика
Искусственный интеллект
Источник
bioRxiv
DOI
10.64898/2026.06.29.735168
Дата
03.07.2026
Автор
Piat, L., Denni, S., Dubois, S., Linard, B. et al.
Время чтения
3 мин
Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование.
Краткое резюме
Работа описывает новый инструмент MSpangenome, который позволяет моделировать популяционные пангеномы, основываясь на явных эволюционных историях и демографических моделях. Это обеспечивает создание структурно сложных пангеномов, отражающих реальное разнообразие геномов.
Практический вывод
Инструмент MSpangenome позволяет исследователям геномной науки создавать реалистичные модели популяционных пангеномов, что может быть полезно для тестирования различных методов анализа генетических данных.
Ограничения
Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование. Одно из ограничений этого исследования заключается в том, что его результаты могут зависеть от заданных параметров моделирования и предположений о демографической истории, что может влиять на обобщаемость результатов.
Обучение с подкреплением (RL) стало центральным компонентом постобучения крупных языковых моделей (LLMs), однако мало что известно о том, как адаптация RL распределена по слоям трансформера. Существующие подходы обычно обновляют все параметры модели равномерно, подразумевая, что каждый слой вносит схожий вклад в приросты, достигнутые в процессе постобучения с использованием RL. В данной работе мы ставим под сомнение это предположение через систематическое изучение обучения RL по слоям. Удивительно, но мы обнаружили, что обучение одного слоя трансформера может воспроизвести большую часть приростов, достигнутых при полном обучении с RL, а в некоторых случаях даже превзойти его. Чтобы количественно оценить это явление, мы вводим величину "вклад слоя", которая измеряет долю полного улучшения RL, достигнутого благодаря обучению слоя в изоляции. В рамках семи моделей, охватывающих две семейства моделей (Qwen3, Qwen2.5), три алгоритма RL (GRPO, GiGPO, Dr. GRPO) и несколько областей задач, включая математическое рассуждение, генерацию кода и агентное принятие решений, мы наблюдаем замечательно стабильный паттерн: приросты RL сосредоточены в небольшом подмножестве, а в большинстве случаев даже в одном слое трансформера. Более того, тот же структурный паттерн последовательно возникает: слои с высоким вкладом сосредоточены в середине стека трансформера, тогда как слои ближе к входу и выходу вносят значительно меньший вклад. Ранжирование слоев при этом остается сильно коррелированным между датасетами, задачами, семействами моделей и алгоритмами RL.
Мультимодальные подходы в области искусственного интеллекта (ИИ), интегрирующие разнородные источники данных, представляют собой новую границу в оценке фиброза печени. Тем не менее, использование мультимодального ИИ для стадирования фиброза печени было лишь предварительно исследовано, и существующие данные ограничены значительными методологическими пробелами. Этот обзор aims был направлен на полное картирование текущих данных о мультимодальных ИИ моделях, которые интегрируют медицинскую визуализацию с другими категориями данных для прогнозирования стадии фиброза печени. Следуя методологии Института Джоанны Бриггс и рекомендациям PRISMA-ScR, мы провели поиск в MEDLINE, Web of Science, CENTRAL и IEEE Xplore 12 августа 2025 года. В исследования были включены работы, разрабатывающие модели ИИ или машинного обучения для прогнозирования фиброза печени и интегрирующие как минимум одну визуализационную модальность с разнородными категориями данных (например, клинические параметры или сывороточные биомаркеры). Три рецензента независимо отобрали записи, и извлеченные данные были независимо проверены двумя дополнительными рецензентами. Из 2849 записей 21 исследование соответствовало критериям допуска, что дало 34 различных мультимодальных ИИ модели. Исследования были географически сосредоточены в Китае (81%) и в основном фокусировались на заболеваниях печени, связанных с гепатитом B. Наиболее распространенным подходом были радиомика на основе КТ, комбинированная с сывороточными биомаркерами, в то время как архитектуры глубокого обучения применялись реже. В 107 оценках AUC медиана AUC составила 0.890 (межквартильный диапазон 0.850-0.925). AUC внешней валидации (12 оценок из 6 исследований) варьировалась от 0.808 до 0.990; 3 оценки внутреннего тестирования из одного исследования оказались ниже 0.70. Тем не менее, внешний контроль был представлен только у 20.6% моделей, при этом отчетность о калибровке и анализ кривой принятия решений были описаны в 23.1% и 24.1% оценок соответственно. Этот обзор выявил начинающуюся область с об encouraging диагностической производительностью, но с существенными пробелами во внешней валидации, отчетности о калибровке и оценке клинической полезности. Будущие исследования должны приоритизировать методологически строгую валидацию и оценивать влияние на клинические решения.
Метапознание является критически важной составляющей интеллекта, описывающей способность контролировать и регулировать собственные когнитивные процессы. Тем не менее, большие языковые модели (LLMs) демонстрируют системные недостатки в ключевых метапознавательных функциях: они создают неправильные (галлюцинирующие) ответы с высокой уверенностью, не осознают границы своих знаний и неправильно представляют свою внутреннюю неопределенность, что подрывает доверие и надежность. Учитывая, что мониторинг производительности задач и адаптация поведения в соответствии с этим являются центральными для метапознания, мы предполагаем, что модели, способные точно оценивать свою собственную производительность, лучше подготовлены для ее улучшения. Мы реализуем эту идею через два новых механизма: обучение с подкреплением с метапознавательной обратной связью (RLMF) – парадигму, позволяющую улучшать ранжирование завершений во время оптимизации предпочтений на основе качества самосуждений модели о производительности, и выбор метапознавательных данных, который использует аналогичные самосуждения для выявления ценных обучающих примеров, превосходя наивное активное обучение. Мы применяем эти инновации к проблеме надежной калибровки (FC), которая сама по себе является принципиально метапознавательной задачей: цель заключается в согласовании выраженной и внутренней неопределенности, что сложно даже для передовых LLM. Мы принимаем декомпозированный подход в два этапа: сначала используем эти методы для калибровки надежности самооценок моделей, а затем отображаем на естественную, адаптируемую по контексту языковую неопределенность через целевое редактирование выходных данных. Обширные эксперименты показывают, что RLMF достигает обобщаемой, современной надежной калибровки на различных задачах при сохранении точности. Более того, RLMF превосходит стандартное обучение с подкреплением на 63%, при этом улучшая способность моделей оценивать и выражать собственные пределы возможностей. Это ставит RLMF в качестве многообещающей парадигмы для повышения метапознавательных способностей LLM с целью улучшения возможностей моделирования и соответствия, а также предполагает, что метапознавательная производительность является эффективным сигналом обучения с подкреплением для преодоления ограничений ранее используемых методов внутренней обратной связи.
Анализ остаточного потока исследует, как вычисления языковой модели развиваются на разных уровнях, но промежуточное декодирование требует сопоставимых координат считывания на различных слоях. Если якорные встраивания и считывания контекстов не совпадают по выбранному диапазону, то видимое движение может отражать смещение измерений, а не вычислений. Мы вводим "Семантические опорные рамки" (SemRF), основанную на якорях формулировку, которая разделяет семантическое измерение и остаточную динамику. SemRF фиксирует якоря и измеряет состояния относительно них. Связание псевдообратных операций обеспечивает точную синхронизацию; при ограниченной би-обратимости SemRF дает стабильные семантические базисные координаты, границы искажения и почти единичные изменения. С фиксированным каркасом остаточные вычисления становятся семантической траекторией по глубине. Якоря задают семантическую диаграмму Вороноя: расстояние или такие показатели, как логиты, назначают каждому слою грубую ячейку, в то время как координаты сохраняют движения и границы внутри ячейки. Мы определяем шаги по слоям, профили вклада и диагностику дисбаланса, а затем используем след Вороноя для определения расслабленной трубки. Канонический след - это путь с минимальным действием внутри этой трубки; когда он не пустой с положительным квадратичным весом, он уникален и подчиняется дискретному уравнению сплайн. Избыточное действие контролирует шаг, кривизну и несоответствие профиля. Низкая кривизна означает кусочно-линейную сжимаемость и плотность локальных знаний: меньшая сложность следа означает меньше семантических узлов. Через отображение параметров на траекторию это дает условную связь с эффективностью параметров: среди допустимых настроек, соответствующих данным, следы с меньшим действием и меньшей сложностью используют меньше семантических степеней свободы. Эти гарантии требуют контролируемой ошибки интерфейса и малого остатка проекции при явных ограничениях трубки.
Агентное обучение с подкреплением требует назначения кредита действиям, направленным на взаимодействие с окружением, таким как поиски, клики, редактирования, команды навигации и взаимодействия с объектами. Стандартный GRPO использует итоговый результат проверки как единый сигнал преимущества для всех токенов действий. Этот сигнал результата полезен, но структурно неполон: он наказывает полезные исследования в неудачных имитациях и усиливает избыточные или регрессивные действия в успешных результатах. Мы предлагаем TRIAGE, структуру назначения кредита с учетом роли, которая добавляет семантическую ось роли к кредиту результата. Структурированный судья классифицирует каждый сегмент как решающий прогресс, полезное исследование, инфраструктуру без прогресса или регрессию, а фиксированное правило, зависящее от роли, отображает эти метки на ограниченные вознаграждения процесса на уровне сегмента. Это сохраняет результаты проверки как источник направления оптимизации, при этом correcting два основных слепых пятна кредита, основанного только на результате. Мы также показываем, что кредит, зависящий от роли, является оптимальной коррекцией на уровне сегмента, которую можно выразить исключительно из меток ролей — проекцией остатка преимущества на сегмент на переменную роли, — таким образом фиксированные роли снижают ошибку оценки преимущества, когда судья надежен, и мы связываем это со снижением дисперсии градиентов политики. В ALFWorld, Search-QA и WebShop TRIAGE повышает показатели успеха по сравнению с GRPO для двух моделей политики и превышает как процессные вознаграждения, извлеченные из судьи, так и базу значений, контролируемую результатом. Аблации показывают, что прирост происходит благодаря типизации ролей, а не просто добавлению плотных вознаграждений: надежное обнаружение регрессии внутри успешных траекторий является доминирующим элементом, в то время как кредит на исследование предоставляет устойчивый вторичный прирост; на завершенных результатах ALFWorld и WebShop TRIAGE также снижает количество ходов, направленных на окружение, на дополнительные 10.4% и 14.8% соответственно по сравнению с GRPO.
Почему нейронные сети запоминают алгоритмические данные для обучения задолго до того, как начинают обобщать? Мы представляем геометрическое исследование, показывающее, что в задачах, где для общего результата необходимо открыть структурированные низкоразмерные цепи, задержка запоминания-обобщения управляется радиальной инфляцией скрытых представлений при оптимизации кросс-энтропии. Мы формализуем радиально-угловую декомпозицию динамики пространства активаций и выводим три тестируемые гипотезы: (i) что штраф за радиальную инфляцию вызывает анизотропную, зависимую от данных регуляризацию весов; (ii) что это подавляет радиальную градиентную энергию ниже изотропного случайного базиса, заставляя происходить преимущественно угловые обновления; и (iii) что это смещает сходимость к более плоским минимума. Для эмпирической проверки этих предложений мы изучаем норму с одним гиперпараметром, которая мягко ограничивает активации гиперсферы радиусом sqrt(d). При использовании модульной арифметики этот штраф ускоряет усвоение до 6 раз для MLP и Transformer, и сокращает число шагов обучения на половину для nanoGPT с 10 миллионами параметров при решении задачи сложения трехзначных чисел.