Искусственный интеллектbioRxivIrwin, R. M., Harkness, R. W., Liu, Z. H., Sun, K. et al.3 мин чтенияpreprint

Конкурирующие эффекты модулируют скорость деполиаденилирования РНК с поли(A) в биомолекулярном конденсате

Competing effects modulate the rate of poly(A) RNA deadenylation in a biomolecular condensate

Рубрика
Искусственный интеллект
Источник
bioRxiv
DOI
10.64898/2026.07.02.736149
Дата
03.07.2026
Автор
Irwin, R. M., Harkness, R. W., Liu, Z. H., Sun, K. et al.
Время чтения
3 мин

Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование.

Искусственный интеллект

Аннотация

Уникальная растворительная среда, обнаруживаемая в биомолекулярных конденсатах, может контролировать клеточные ферментативные реакции и изменять кинетику реакций, модулируя концентрации реагентов, структурную динамику и активности ферментов. В данной работе мы исследуем взаимодействие множества регуляторных факторов внутри конденсата для контроля за деполиаденилированием РНК с поли(A), которое является первым и лимитирующим шагом в деле разложения мРНК. Деполиаденилаза CNOT7, подсостав CCR4-NOT комплекса деполиаденилирования, локализуется в цитоплазматических РНК-гранулах и демонстрирует повышенную активность деградации в vitro в конденсатах, образованных C-концевой областью низкой сложности CAPRIN1, компонента РНК-гранул. Мы используем комбинацию ферментативных анализов, кинетического моделирования, микроскопии, ядерного магнитного резонанса (ЯМР) и молекулярных динамических симуляций для деконволюции и определения компонентов, которые лежат в основе этого усиления. Мы выяснили, что фермент и РНК концентрируются в конденсатах относительно буфера, что увеличивает активность CNOT7, в то время как равновесие между активным и неактивным состояниями CNOT7 остается неизменным. Увеличение кинетических скоростей, зависимое от концентрации, компенсируется значительным снижением каталитической эффективности фермента, вероятно, из-за более медленной диффузии CNOT7 и РНК внутри конденсатов, что уменьшает вероятность образования комплекса фермент-подсубрат. Молекулярные динамические симуляции показывают взаимодействия CNOT7-CAPRIN1, которые полагаются на особенности консервативной последовательности CAPRIN1, указывая на эволюционно консервативную роль конденсации CAPRIN1. С помощью этого количественного кинетического анализа мы описываем многоаспектный механизм регулирования деполиаденилирования CNOT7 в условиях конденсата.

Краткое резюме

Исследование показывает, как биомолекулярные конденсаты влияют на скорость деполиаденилирования РНК с поли(A) за счет концентрации реагентов и изменений взаимодействий между ферментом CNOT7 и РНК.

Практический вывод

Это исследование подчеркивает важность биомолекулярных конденсатов в регуляции ферментативных реакций, что может иметь значение для понимания механизмов разложения мРНК.

Ограничения

Это предварительная публикация, она не прошла научное рецензирование. Статья основана на экспериментальных данных, полученных в vitro, что может не полностью отражать процессы, происходящие в живых клетках. Также необходимо дальнейшее исследование, чтобы точно определить роль других потенциальных регуляторов в этих взаимодействиях.

Похожие исследования

Подборка учитывает рубрику, ключевые слова, аннотацию, резюме, практические выводы и источник.

Искусственный интеллект
Искусственный интеллект
77%

Облако-центрированная структура блокчейна с поддержкой ИИ для адаптивного управления энергией в сетях умной электрической мобильноности.

Высокая скорость разработки электромобилей (ЭМ) вызвала проблемы пиковых нагрузок, конфиденциальности данных, масштабируемости и безопасного управления энергией в сетях умной электрической мобильности. Традиционные централизованные системы управления зарядкой ЭМ имеют недостатки, такие как утечка конфиденциальной информации, единая точка отказа, отсутствие гибкости в реальном времени и недостаток доверия к транзакциям. В данной статье предлагается структура управления энергией на основе ИИ с защитой конфиденциальности - Edge-Trust-Adaptive Learning Framework (PETAL-Grid), основанная на федеративной архитектуре блокчейна, которая поддерживает адаптивное и защищенное от утечек управление энергией. Ключевая цель данного исследования заключается в достижении масштабируемого, безопасного и оперативного управления зарядкой ЭМ через интеграцию федеративного искусственного интеллекта, интеллектуального прогнозирования спроса на краевых уровнях и управления доверием на основе блокчейна. Предложенная структура позволяет совместное обучение спроса без необходимости обмена сырыми данными, адаптивную зарядку в реальном времени на основе краевой интеллектуальной информации и прозрачные и защищённые от подделки энергетические транзакции на основе умных контрактов. Рабочий процесс PETAL-Grid включает сбор локальных данных, прогнозирование спроса на краевых уровнях, агрегацию федеративных моделей, адаптивное управление нагрузкой и валидацию транзакций на основе блокчейна. Результаты моделирования показывают, что PETAL-Grid может достигать 18% снижения пиковых нагрузок, 17% эффективности использования энергии и 98-99% безопасности транзакций, что лучше, чем в централизованных и базовых моделях. Результаты подтверждают, что PETAL-Grid является масштабируемым, надежным и безопасным решением для устойчивых сетей умной электрической мобильности.

Искусственный интеллект
Искусственный интеллект
77%

Сложность на уровне генов объясняет вариации в распределении эффектов на фитнес по всему геному

Распределение эффектов на фитнес (DFE) — описывающее, насколько вредными, нейтральными или полезными являются новые мутации — является центральным для понимания того, как популяции эволюционируют. Хотя DFE варьируется между геномами и видами, остается неясным, какие аспекты геномной организации вызывают эту вариацию. В данной работе мы оценили селективные ограничения на уровне генов по геномам Mus musculus castaneus, Drosophila melanogaster и Saccharomyces cerevisiae, используя сочетание популяционной генетики и машинного обучения, обученного на различных генетических характеристиках. Многие генетические характеристики предсказывали селективные ограничения, среди которых наиболее информативными оказались консервация, структура гена и экспрессия. Эти селективные ограничения обозначили классы генов с различными DFE. Гены с большей связанностью и экспрессией — характеристиками, отражающими количество признаков, на которые влияет ген — испытывали более сильные и менее разбросанные вредные эффекты с увеличением селективных ограничений. Между видами скорость адаптации снижалась с увеличением организационной сложности, в то время как по всему геному она не уменьшалась монотонно с увеличением селективных ограничений, а, напротив, имела тенденцию быть выше на промежуточных уровнях. Хотя сравнения DFE между видами были менее согласованы с прогнозами геометрической модели Фишера (FGM), основанными на организационной сложности, вариация параметров DFE по всему геному более близко соответствовала FGM, когда сложность рассматривалась на уровне генов. Наши результаты предполагают, что сложность на уровне генов, зафиксированная через прокси геномных характеристик, обеспечивает более информативное определение сложности для вариации DFE, чем обозначения на уровне организма, и подчеркивают ценность использования генетических характеристик в совокупности для связи геномной архитектуры, фитнес-ландшафтов и моделей молекулярной эволюции.

Искусственный интеллект
Искусственный интеллект
74%

Радиальное подавление ускоряет алгоритмическую генерализацию: геометрический анализ задержки генерализации

Почему нейронные сети запоминают алгоритмические данные для обучения задолго до того, как начинают обобщать? Мы представляем геометрическое исследование, показывающее, что в задачах, где для общего результата необходимо открыть структурированные низкоразмерные цепи, задержка запоминания-обобщения управляется радиальной инфляцией скрытых представлений при оптимизации кросс-энтропии. Мы формализуем радиально-угловую декомпозицию динамики пространства активаций и выводим три тестируемые гипотезы: (i) что штраф за радиальную инфляцию вызывает анизотропную, зависимую от данных регуляризацию весов; (ii) что это подавляет радиальную градиентную энергию ниже изотропного случайного базиса, заставляя происходить преимущественно угловые обновления; и (iii) что это смещает сходимость к более плоским минимума. Для эмпирической проверки этих предложений мы изучаем норму с одним гиперпараметром, которая мягко ограничивает активации гиперсферы радиусом sqrt(d). При использовании модульной арифметики этот штраф ускоряет усвоение до 6 раз для MLP и Transformer, и сокращает число шагов обучения на половину для nanoGPT с 10 миллионами параметров при решении задачи сложения трехзначных чисел.

Искусственный интеллект
Искусственный интеллект
72%

Индивидуальные стратегии игнорирования несущественной информации отражаются в различных нейронных сигнатурах во время временного внимания.

Функции внимания позволяют нервной системе регулировать поступающую информацию, выбирая то, что имеет поведенческое значение, и фильтруя отвлекающие факторы. Чтобы исследовать внимательный контроль у крыс, мы разработали парадигму, в которой животным необходимо игнорировать несущественный тактильный стимул (вибрацию) и классифицировать соответствующий как слабый или сильный. Стимулы были разделены по времени, но подавались на один и тот же набор вибрис, что делало эту задачу задачей временного, а не пространственного внимания. В первой версии задания несущественный стимул был представлен первым, а соответствующий - вторым. У различных животных мы наблюдали значительную вариабельность в том, как эта задача усваивалась и выполнялась, что согласуется с новыми работами, показывающими, что обучение происходит по индивидуальным траекториям, а не конвергирует к единственному поведенческому решению. Хотя несущественный стимул обычно оказывал привлекательное влияние на суждения, некоторые крысы постепенно уменьшали это влияние и достигали почти полного подавления, переходя от стадии усовершенствованного до экспертного выполнения. Другие животные, однако, приняли альтернативные стабильные стратегии и не проявили сопоставимого уровня фильтрации внимания. Чтобы проверить поведенческую гибкость, мы разработали версию задачи, в которой соответствующий стимул мог появляться в любой временной позиции. В этих условиях крысам обычно было сложно гибко распределять внимание во времени, при этом наблюдалась значительная вариабельность между индивидуумами. Важно, что поведенческие анализы указывают на то, что эта вариабельность не случайна, а отражает небольшое число воспроизводимых классов стратегий, характеризуемых различными паттернами чувствительности к порядку стимулов. Эти результаты предполагают, что контроль внимания в данной задаче не зависит от единого канонического алгоритма, а вместо этого возникает из ограниченного набора альтернативных решений. Электрофизиологические записи у ограниченного числа животных показали нейронные корреляты, соответствующие этим поведенческим различиям. У опытных животных, выполняющих оригинальное задание, нейронные популяции в моторной коре продемонстрировали дифференциальное кодирование несущественных и релевантных стимулов. У успешного животного с имплантами в vS1 и M1/M2 модуляция, зависящая от результата, была выражена в vS1, тогда как M1/M2 преобразовывал сенсорные входы в категориальные представления с частичным подавлением несущественного стимула. Анализ локальных потенциалов поля дополнительно показал, что эффективное выполнение задачи связано с повышенной синхронизацией высокой гамма-частоты между vS1 и M1/M2, наряду с модуляцией низкой бета-частоты, характерной для top-down взаимодействий. Таким образом, эти результаты предполагают, что обучение игнорированию несущественной информации перестраивает взаимодействия между сенсорными и моторными корковыми структурами, но этот процесс происходит гетерогенно среди индивидуумов. Вместо того чтобы отражать единственный механизм контроля внимания, данные поддерживают концепцию, согласно которой несколько идентифицируемых стратегий сосуществуют внутри общей структуры задачи, подчеркивая важность индивидуальных различий для понимания нейронных основ внимания.

Искусственный интеллект
Искусственный интеллект
69%

Параллельные линейные оценки ошибок линейзации на GPU для робастного оптимального управления в реальном времени для нелинейной динамики и нейронных сетей

В данной статье рассматривается робастное оптимальное управление в реальном времени для неопределенных нелинейных систем, где линейные временные приближения (LTV) упрощают планирование, но требуют достоверных оценок ошибок линейзации (LEBs) для обеспечения соблюдения устойчивых ограничений. Мы разработали строгие, дифференцируемые оценки ошибок линейзации на GPU для LTV-аппроксимаций нелинейной динамики и динамики нейронных сетей (NN). Для аналитической динамики мы вводим оценки Гессиана на основе пути, которые являются более строгими, чем стандартные интервальные методы. Для динамики NN мы выводим сертифицированные LEB, используя аффинные релаксации, сгенерированные верификатором NN, и локальные коррекции Якобиана. Мы адаптировали парный LTV-составляющий решатель для робастного управления на уровне систем, чтобы он соответствовал этим LEB, расширив его на обработку правообратимых матриц возмущений и нецентрицированных наборов возмущений для строгого зонотопного распространения неопределенности. Наш метод, GPUSLS-LEO, позволяет онлайн-оптимизацию робастных обратных стратегий, учитывающих ошибку линейзации, обеспечивая надежные, формально проверенные достигнутые трубки. На комплексных нелинейных и NN динамиках с размерностями до 168 состояний наш метод может вычислять робастные стратегии управления на GPU со скоростью до 67 Гц, снижая время решения и консервативность по сравнению с базовыми решениями, сохраняя при этом формальные гарантии и производительность в реальном времени.

Искусственный интеллект
Искусственный интеллект
67%

Большие языковые модели точно определяют причины решений в устных отчетах.

Понимание причин, стоящих за человеческими выборами в условиях риска, является центральной целью науки о принятии решений, однако традиционные методы, основанные на поведенческих данных, ограничены строгими предположениями о неизменности. Мы представляем масштабируемую аналитическую структуру с использованием больших языковых моделей (BLM) для анализа устных отчетов и выявления сформулированных причин выбора между денежными лотереями. Проверенная BLM точно определила предопределенные причины решений в свободных текстовых отчетах участников, что совпало с их фактическими выборами в 95% случаев. Наш анализ показывает, что причины, лежащие в основе решений людей, варьируются систематически и в большей степени зависят от структуры проблемы выбора, чем от индивидуальных различий. Важно отметить, что причины, полученные из устных отчетов, предоставляют более экономичные и информативные представления процессов принятия решений, чем те, что исходят только из выборов; кроме того, профили причин, специфичных для проблемы, достигают точности предсказаний вне выборки, которая сопоставима с установленными вычислительными моделями. Эта работа демонстрирует, что устные отчеты являются богатым источником данных, и наша аналитическая структура может раскрыть их потенциал, предоставляя результаты, которые ставят под сомнение основные предположения о неизменности в этой области и прокладывают путь к более контекстно чувствительным и интерпретируемым моделям человеческого принятия решений.