Septin7 необходим в раннем гемопоэзе, но избыточен на более поздних этапах.

Миастения гравис, связанная с антителами к ли лопопротеиновому рецептору 4 (LRP4-Ab-позитивная MG), является редкой серологической подгруппой с слабо определенным клиническим фенотипом. В этом исследовании были проанализированы демографические данные, клинические характеристики, методы лечения и нагрузка болезнью у пациентов с LRP4-Ab-позитивной MG по сравнению с другими подгруппами, определяемыми по антителам. Пациенты из проспективного длительного немецкого регистра MG, у которых было проведено тестирование на наличие антител к LRP4, AChR и MuSK, были сгруппированы и проанализированы по симптомам, лечению и оценкам нагрузки болезнью (например, Шкала активностей повседневной жизни при миастении гравис [MG-ADL] и обновленная версия Шкалы качества жизни при миастении гравис на 15 пунктов [MG-Qol15r]). Среди 3,319 пациентов 1,432 (43.1%, медианный возраст 54 года, 57.4% женщин) прошли полное тестирование на антитела: 4.8% из них были LRP4-Ab-позитивными (2.4% - только LRP4-Ab-позитивные; 2.4% - LRP4/AChR-Ab-двойные позитивные), 63.6% - AChR-Ab-позитивные, 2.4% - MuSK-Ab-позитивные, 0.8% - MuSK/AChR-Ab-двойные позитивные, и 28.4% - тройные серонегативные. Пациенты, имеющие только LRP4-Ab, сообщили о высоком уровне симптомов, и все LRP4-Ab-позитивные пациенты показали высокие показатели эскалации (например, ритуксимаб) и спасательных терапий (например, IVIG). Модели линейных смешанных эффектов показали большую нагрузку болезнью у пациентов с только LRP4-Ab по сравнению со всеми другими подгруппами (например, по сравнению с AChR-Ab-позитивными: MG-ADL -2.5 балла [95% ДИ -3.9 до -1.2]; MG-Qol15r -8.4 [95% ДИ -13.3 до -3.4]). Напротив, пациенты с LRP4/AChR-Ab-двойным позитивом показали нагрузку и схемы лечения, сопоставимые с другими подгруппами. LRP4-Ab-позитивная MG представляет собой отдельный фенотип, характеризующийся высокой нагрузкой болезнью и потребностью в лечении. В отличие от этого, фенотипы LRP4/AChR-Ab-двойной позитивной MG более тесно соотносятся с другими подгруппами MG. Немецкий регистрационный центр клинических испытаний (drks.de), DRKS00024099, первый пациент зарегистрирован: 4 февраля 2019 года.

Трансляция кишечных бактерий в кровоток является путем инфекции для позднего сепсиса (ПС) у недоношенных детей, подчеркивая потенциал профилирования фекальной микробиоты для ранней стратификации риска. Наша цель заключалась в выявлении и валидации специфических сигнатур кишечной микробиоты для ПС. Пятьдесят восемь недоношенных детей (срок гестации < 30 недель) с подтвержденным микробиологическим анализом ПС (исключая коагулазонегативные стафилококки) были сопоставлены с контрольной группой (1:1) в трех когортах (Открытие (DC) = 18; Валидация 1 и 2; VC1 = 12, VC2 = 28). Фекальные образцы, собранные до 10 дней до начала ПС, подвергались секвенированию гена 16S рРНК. Сравнивались микробный состав, разнообразие и дискриминационные таксоны среди подгрупп ПС. Модели Random Forest (RF) были обучены в DC и валидированы в VC1/VC2. Вариация микробиоты в значительной степени объяснялась патогеном ПС (R = 17%, <0.001). У детей с нестафилококковым ПС наблюдалось временное увеличение относительной абундантности. Модель RF, различающая ПС и контрольную группу, показала наивысшую дискриминационную способность (AUC = 0.99/0.78/0.61 для DC/VC1/VC2) по сравнению с нестафилококковым ПС (AUC = 0.96/0.46/0.41). Наши результаты показывают значительные сдвиги микробиоты, предшествующие ПС, с более высокой дискриминационной способностью по сравнению с нестафилококковым ПС. Хотя специфическая для патогена микробиота может предложить дополнительную клиническую ценность, сниженная производительность валидации подчеркивает ограниченную обобщаемость и подчеркивает необходимость дальнейших исследований перед клиническим применением.

Африканская чума свиней (АЧС) является высокозаразным и летальным заболеванием, однако эффективных терапевтических опций для его лечения существует очень мало. В связи с этим имеется настоятельная необходимость в разработке безопасных и有效ных вакцин. В данной работе мы описали различный эффект удаления целых семейств MGF100 и MGF300 из высоковирулентных штаммов генотипа II на репликацию вируса африканской чумы свиней (АЧСВ), вирулентность и индукцию защиты. Полученные мутанты ASFV-Δ100 и ASFV-Δ300 продемонстрировали сниженные кинетические показатели роста in vitro, причем первый мутант проявлял аномальный морфогенез вируса. ASFV-Δ100 был эффективно аттенуирован, тогда как ASFV-Δ300 сохранил свою вирулентность. В ходе одноименной летальной атаки два мутанта показали одинаковую степень защиты, при этом первый обеспечивал большую защиту от патологии в органах. Механистически мы установили, что ASFV-Δ100 способен индуцировать мощный врожденный иммунный ответ in vitro и последовательные антитела P30 in vivo. В заключение, семейство MGF100 представляет собой потенциальную цель для разработки много генетически дефицитной живой аттенуированной вакцины против АЧС.

Всеоптическая двухфотонная голографическая оптогенетика позволяет проводить причинное картирование цепей, стимулируя определенные нейроны или ансамбли при одновременной визуализации активности популяций. Однако полное картирование связей остается экспериментально непрактичным из-за комбинаторной сложности, нагрева тканей, фотоповреждений и временных затрат на эксперименты. Мы представляем OPhELIA (Оптимальный Выбор Фотостимуляции для Итеративных Карт Активности), байесовскую структуру для выбора информативных возмущений при ограниченных бюджетах испытаний. OPhELIA сочетает в себе инференцию связанности Бета-Бернулли с эвристикой приобретения, основанной на неоднозначности, и усвоенными приоритетами, полученными из нейронной активности до стимуляции, что улучшает активное обучение и сжатое ощущение. В автономных симуляциях и in vivo экспериментах с визуомоторными действиями личинок данио, OPhELIA с активным обучением улучшает эффективность испытаний при приближении к полным функциональным коннектомам. В комбинаторных in vivo экспериментах OPhELIA с сжатым восприятием наиболее точно восстанавливает полный коннектом, используя только 5% испытаний. Эти результаты подтверждают OPhELIA как эффективную структуру для причинных коннектомов.

Проблема маршрутизации транспортных средств (VRP) и её варианты представляют собой одни из наиболее значительных оптимизационных задач в современной логистике и городской мобильности. В данном исследовании мы рассматриваем динамический, онлайн-вариант, объединяющий элементы VRP и проблемы ориентирования (OP), в котором флот транспортных средств должен максимизировать суммарное вознаграждение, собранное в течение фиксированного временного горизонта, одновременно постоянно пересчитывая маршруты по мере поступления новых задач. Мы предлагаем и оцениваем эвристику плотности вознаграждения для динамической многотранспортной передачи задач, называемую эвристикой эффективности. Мы оцениваем эту формулировку в двух областях применения: распределение задач для автономных дронов и диспетчеризация такси в городских условиях, на различных размерах флота и шкалах задач. Предложенный метод сравнивается с четырьмя классическими строительными эвристиками и тремя метаэвристическими алгоритмами (адаптивный поиск в большом соседстве, генетический алгоритм и имитационное отжигание), все они оценивались при идентичных условиях. Во всех протестированных конфигурациях эвристика эффективности соответствует качеству решений лучших метаэвристических алгоритмов, требуя при этом в два-три порядка меньшего времени на планирование, устанавливая парето-доминирование над всеми соперничающими методами на фронте вознаграждения и вычислений. Эти выводы предполагают практическое принцип проектирования для систем распределения и диспетчеризации в реальном времени: в динамичных условиях маршрутизации с ограничениями по времени тщательно разработанные жадные эвристики могут достигать результатов сложных процедур поиска при меньших затратах ресурсов, что делает их предпочтительными для онлайн-развертывания.

Искусственный интеллект оказал глубокое влияние на биологические науки и, в частности, значительно ускорил исследования в области формы и функции белков. Ферменты не являются исключением: в последнее время было разработано множество предсказательных моделей для решения различных задач, связанных с ферментами. Модели, рассматривающие совместимость фермент-субстрат (ES) или фермент-реакция (ER), могут быть особенно полезными для аннотирования ферментов, расшифровки биосинтетических путей и извлечения биокаталитиков, главной задачей которых является идентификация истинного катализатора (или действительно совместимой реакции) среди множества схожих кандидатов. В то время как существующие модели демонстрируют высокую эффективность на альтернативных эталонах, менее известны их возможности в данном контексте. В этом исследовании мы оцениваем четыре недавно выпущенные модели предсказания ES и ER, используя задачи и наборы данных, адаптированные для данного условия. Сначала мы показываем, что две представительные модели предсказания ES показывают результаты, близкие к случайным исходным данным, по двум семействам ферментов, когда речь идет о ферментах и субстратах, не встреченных во время обучения. Для оценки дополнительных моделей по последовательному набору данных мы далее собираем самый крупный на сегодняшний день набор данных реакций цитохрома P450 (CYP) — 2922 реакции по 768 ферментам, и строим эталон ранжирования CYP, в котором правильно выбранный фермент должен быть приоритезирован среди всех CYP в своем естественном организме. Мы снова обнаруживаем, что большинство моделей не превосходят базовые показатели на основе последовательностей (BLAST), даже после тонкой настройки. Наконец, мы адаптируем модель предсказания биомолекулярной структуры Boltz для предсказания ES, обучая контролируемые классификаторы на векторных вложениях остатков-лигандов, и показываем, что этот подход последовательно превосходит базовые показатели BLAST на нашем эталоне ранжирования CYP. В совокупности наши результаты свидетельствуют о необходимости более актуального бенчмаркинга и предполагают, что учитывающие взаимодействия представления из полных биомолекулярных комплексов могут служить многообещающей основой для приоритизации ферментов.